该剧讲述了帅气的外科医生吴景昊为弥补青春遗憾，在一个偶然的机会下重新回到高三时期，改变自己懦弱的性格，重新感受身边的友情、亲情。去发现那些被他忽略的青春中的种种细腻与温馨，并帮助女同学韩菲一点点放下防备、解开心结，捡拾起青春中散落的纯粹与美好的故事。

《青云志2》阵容由第一季原班人马倾力打造，画风一改之前清新淡雅的风格，“暗黑”色系更平添些许神秘，故事情节也将更加丰富吸睛。全新正魔阵营形成，大战将再次开启。虽然承接了第一季的剧情，风格却大不相同，充满了阴谋与争夺。十年之间，人与事皆有不同，每个人物角色也都成长了许多。陆雪琪（杨紫饰）明白了“天地不仁以万物为刍狗”的真谛，林惊羽（成毅饰）虽有动摇却仍在坚持着自己的正义，曾书书（秦俊杰饰）承担着城主的责任还心系师门。魔教三公子血公子鬼厉、毒公子秦无炎（茅子俊饰）、妙公子金瓶儿（焦俊艳饰）也即将集结上线。

科考取仕，是中国封建社会制度下上千年来出人头地的唯一途径；一旦科考成功，便可进入官场，从此飞黄腾达，身价百倍。所以，古人将科考称之为"跃龙门"。 　　秀才伍思贤是江南的一名才子，为实现自己的抱负，与丁而戟、卓尚德、高珅四位同窗好友结拜为义兄，一并参加了三年一度的江南乡试，本以为登科十拿九稳，却万没想到竟会名落孙山，而中了第一的解元佟裕贵曾在科场作弊时被伍思贤看到，帮他作弊的是副主考赵晋。其他几位高中都大都是富商之子，他们资质平庸，却高中于榜首。不平则鸣，于是落榜学子们将财神抬进了贡院，并将贡院二字改成"卖完"，一时江南大哗！ 　　被康熙赏识的"天下第一清官"张伯行被提擢为江苏巡抚，他乍一上任，便目睹了学子滋事，不知不觉却被人利用，卷入了科场案之中，只得放下手头正在调查的江南粮仓大营的一桩命案，而全力调查有关科场案的经过。不料一查之下，果有弊端，便与巡抚衙门的总捕头铁云一并展开侦查。 　　这时，康熙皇帝因为江南乡试无一弊端而御赐金匾，对江苏官府予以表彰，张伯行若查此案，则面临着极大的压力。掩护舞弊的副主考赵晋和江宁知府陈天立等人，不断对侦查进行干扰。张伯行设花厅茶会测试学子，由于老学政胡润暗中使了手脚，并无查出任何问题。两江总督噶礼为了面子，也希望张伯行大事化小，小事化无，把此事压下来。张伯行在查了一个阶段之后，深感阻碍重重，力不从心，于是便上奏皇帝，陈明事实，请派钦差。 　　秦淮才女谢小玉素喜欢女扮男装，与伍思贤等那班才子们来往。她的母亲因守寡贞洁，操守出众而被皇上御赐贞洁牌坊。她的弟弟谢大光也是此次乡试的中举者，可她却怀疑是母亲暗中给掮客李奇使了银子，才使小弟高中的。伍思贤曾因为给谢大光辅导过功课而常去谢府，便与谢小玉有了密切来往。二人彼此有意，可却恪守礼教而不敢越雷池一步。 　　康熙皇帝接到张伯行的急奏十分震惊，老相爷张廷玉建议皇上从政治大局考虑而接受张伯行的建议，派钦差速奔江南查案，公正处理此案，而让南方的汉族士子归心于朝廷。老中堂明珠却劝说皇上压下张伯行的奏折，不理江南科场一案。康熙思之再三，决定不惜撤回自己给江苏官府送去的金匾，派户部上书张鹏翮为钦差大臣，火速赴江南调查。 　　张鹏翮本与张伯行关系甚密，是他在任河道总督时发现了张伯行并向皇上举荐了他。张鹏翮与噶礼的私人关系也不错，所以他满怀信心地来到了江宁，紧锣密鼓地进了查案。审案进行得十分顺利，正当张鹏翮要对榜首八名举人重新复试之时，突然张鹏翮的儿子赶来，请求父亲救他。原来，其子由于私开粮仓赈灾，违犯朝廷大律，面临杀身之祸，把柄落于他人之手，成为交换条件，令其父不得再审理此案。张鹏翮为救爱子，只得将对榜首八举子的复试改为只公布部分考生的试卷，只处理了已查实作弊的富商子弟程光奎一人。 　　伍思贤因心情烦闷而与谢小玉一起饮酒，酒醉之后误以为自己已经与小玉有染，心情更加沉重。偶然的机会他得知谢母与李奇暗

蒲松龄空有旷世奇才，可惜一次次考试，一次次落榜。命运最后安排他去“三世一品、四世同朝”的毕家坐馆。命运的坎坷却也保全了他的艺术成就。在毕家绰然堂，蒲以《聊斋志异》声名大噪，达官争相一睹为快。春风得意的小说之王马失前蹄，结果竟栽在一个名叫康利贞的奸诈小人手里。由于“一条鞭”事件，漕粮经承康利贞对蒲松龄怀恨。君子永远不是小人的对手，但光明战胜阴暗。这一条“悖论”在蒲松龄身上烙下了深刻的痕迹。蒲松龄终于完成了自己精神的超脱。

大明刑部狱卒叶小天接受委托，为人送遗书回故乡，遭到不想分割家产的那人家属追杀，逃入黔东。兵部要员艾枫以新任葫县典史前往黔东，调查权贵杨应龙图谋不轨之事，被杨应龙派人杀害。葫县县令花晴风为逃避治安不利的责任，安排叶小天冒充艾典史。叶小天虽是狱卒出身，一身浑不吝的痞劲儿，他并未甘为傀儡，在典史任上，他打击豪绅恶霸，把葫县搅了个天翻地覆，更因缘际会，成为真正的葫县典史，由此开始了他的仕途之路。升任铜仁府推官后，叶小天依旧独善其身，不与尸位素餐浑浑噩噩的无为官吏为伍，为了冤死的民女，他怒斩纨绔恶棍，由此身陷绝境，却也受到了地方百姓的爱戴和贵州爱国大土司的赞赏，最终成为一方土司官。始终坚信明照天下，虽土司治下亦是王土的叶小天联合贵州爱国大土司，遏制野心勃勃的杨应龙扩张，成为朝廷的一道坚实藩篱。