武周神功元年，乔县突现诈尸，为祸一方，百姓传闻是李唐冤魂借尸还魂，妄图倾覆武周。与此同时，诈尸阴气所形成的恶龙突降神都城，声称武瞾身上龙气将破，命不久矣。面对这种种世所罕见的异象，一代神探狄仁杰临危受命展开了调查。 面对着重重阻力，甚至截杀，狄仁杰与一名长相酷似自己的江湖小人物宋小白联手，通过以假乱真的斗智斗勇，最终用借尸还魂的手段挽救败局，将隐藏在朝堂之中的奸佞连根拔起，并将反派阴谋彻底倾覆。

长安城发生离奇杀人事件，狄仁杰为查找真相，一路跟随踪迹与凶手周旋，甚至被奸人陷害入狱，最终狄仁杰通过缜密的分析抓到了真正的凶手，长安城恢复了往日的宁静。

本片讲述了狄仁杰在一片乱局一种受命调查通天教主奇案，一路上历经艰险，凭借聪明才智破解了真相，救出了被绑架的武则天，并拆穿通天教主的真身，挽留了国家于为难的故事。

天授二年，魏州发生了一起骇人听闻的事件。一当铺老板被害，百姓传言是冥神所为，甚至有人还亲眼见过冥神设宴。民间众说纷纭，皆指武后乱政导致天怒人怨。消息传回京城，武则天震怒，遂命令狄仁杰前往勘查此事。狄仁杰携龙景、柳月儿前往魏州，魏州刺史顾先令向狄仁杰等人陈述案情，并认为是冥神作祟，狄仁杰怒斥其昏庸。随后狄仁杰来到案发当铺询问。当铺老板娘告知狄仁杰，在当铺老板死前几日便得到了一张夜宴图，随后整日将自己关在家中琢磨。突然有一日便兴高采烈的带着夜宴图出门，却没想到死在了路上。

武周时期，豫州刺史为早逝的儿子操办冥婚，不料妙龄新娘的尸身突然异变成一具白骨骷髅大开杀戒，所杀之人皆化作森森白骨，惨烈现场只留下一句话“武后死，李唐兴”。武后震怒，急命贴身美女高手尉迟晴协助狄仁杰督办此案。狄仁杰将怀疑的矛头直指李氏子孙越王李贞，却遇骷髅攻击李贞，在狄仁杰与骷髅的混战之中，罹难的百姓竟也变成骷髅并融合成为一个巨大的骷髅将军。案件迷雾重重，狄仁杰能否拨云见日，揪出幕后之人？