1990年，一艘巨大的飞船出现在地球上空，人们惶恐不安，却又分外好奇。经过一段时间紧张的等待，外星飞船始终没有动静。人类终于小心翼翼靠近它，强行走进舱内，结果发现了不计其数的外星人。他们形容丑陋，宛如虾子，而且健康状况极差，虚弱无力。原来这是一群来自外星的难民，他们最终被地球人接纳，并隔离在南非约翰内斯堡的一片区域内生活，此地名为“第九区”。经过长达20年的繁衍，外星难民的数量扩张至180万之多，且和周边人类的矛盾冲突不断，越来越多的人类呼吁将“大虾”赶出地球。 MNU（列国同盟组织）经过磋商，决定将外星难民迁移到更为偏远的区域。MNU外星事务部门的特工维库斯（Sharlto Copley 饰）专门负责搬迁工作。维库斯在动员过程中傲慢随意，与当地居民冲突频频。最终，他为自己的行为付出代价，外星人的神秘流体将其感染，维库斯慢慢变成了外星人的模样……

影片描述在1905年发生于波坦金号战舰上的一次哗变，该舰原是帝俄海军的骄傲，但一连数月伙食太差，肉都长满了蛆，水兵因抱怨伙食而遭军官击毙，由此引发叛变。军舰开到奥德萨石阶接受人民的食物补给，但步兵赶到镇压，发生了阶梯上的大屠杀……

本托马斯威尔史密斯饰是国内税务署IRS的税务调查员，因为妻子的死，以及他过去对弟弟做过的错事，他陷于沉重的负罪感中不能自拔，甚至几度想要自杀。但最终，托马斯还是摆脱了绝望的情绪，他决定以另外一种方式赎罪，那就是帮助七个陌生人。他的行动改变了这七个人的人生，其中之一是盲钢琴师特纳伍迪哈里森饰，后来成了他的好友，还有一个叫艾米莉帕沙罗莉莎奥道森饰的患有严重心脏病的女孩，本在与她的接触中，逐渐爱上了他，这也永远地改变了他的人生。

在新生ALO中，桐人、亚丝娜和结衣谈到了鲸鱼，从没有见过鲸鱼的结衣对鲸鱼非常感兴趣，为了帮助结衣桐人想到了新生ALO中海边的任务。不料直叶却不会游泳，为了能正常进行海边的任务大家决定对直叶进行游泳特训。与此同时，桐人被菊冈诚二郎以“心理咨询”的名义骗至心理咨询室，并从桐人处详细调查了“SAO”和“ALO”等事件。桐人离开菊冈诚二郎处后登入新生ALO与大家一起进行了“深海掠夺者”的任务，最终返回时结衣如愿以偿地见到了鲸鱼。后桐人再次接到了菊冈诚二郎的电话。（打算委托桐人调查“GGO”，此时剧情进入“幽灵子弹篇”）

被人追杀的富家子因车祸跌入大海导致失忆，恰巧被单纯善良的海滨女孩救下。女孩一直保护和照顾富家少爷，两人日久生情，富家子许下永远不会忘记女孩的承诺。可惜后来富家子回家后恢复记忆却忘记了女孩，两人后来重逢，真爱能否唤醒富家子的记忆呢？