某变种人杀手冲破了层层警戒线，意欲刺杀总统，幸好保镖关键的一枪，转危为安。关于变种人的问题，X教授（帕特里克·斯图尔特 饰）和史崔克将军发生了争执。金刚狼罗根（休·杰克曼 饰）回到了X教授的训练学校，见到了昔日好友暴风女（哈莉·贝瑞 饰）。后来，暴风女和简接到X教授的命令，前去调查刺杀事件的主谋。此时，训练学校却遭到史崔克（布莱恩·考克斯 饰）将军的突袭。后者还对塑料监狱服刑的万磁王（伊恩·麦克莱恩 饰）下手，激发其复仇之火。万磁王手下的蛇蝎女易容潜入司令部，盗取了秘密文件。在蛇蝎女的帮助下，万磁王越狱成功，对金刚狼讲述了他变身的缘由，令其大为震惊。期间，万磁王挟持了X教授，并利用催眠术实施邪恶的复仇计划……

本片故事发生在越战时期，Eriksson（迈克尔·J·福克斯 饰）是新踏入越南战场的士兵，有一腔为国奉献的激情。在一次行动中不小心遭到越军的埋伏，好在被士官Tony Meserve（肖恩·潘 饰）救回一命。在一次远程侦察任务中，Tony Meserve等人强行逼迫一名越南少女随军而行，以发泄他们的兽欲。Eriksson眼睁睁看到越藉少女被活活蹂躏至死，富有正义感的他对自己的同胞开始感到失望，Eriksson也陷入了良心与恩情的巨大矛盾中，最终Eriksson不顾自身安危将同僚的罪行公诸于世。

史帕基发现阿尔法法追求女孩子达娜，发动组员对他展开审判，罚他以后都不能再追女孩子，但阿尔法法发现有一名富家小子搬入他们社区后对达娜有所图谋，乃不得不打破帮规再追达娜。

一名牵涉到三名好莱坞小明星的三人杀人案的男子开始了自己的调查。需要帮助时，他招募了两名侦探，以揭露比他们想像中更爆炸的阴谋。

卡勒姆·林奇（迈克尔·法斯宾德 饰）在死刑即将执行之前清醒过来，发现他被索菲娅（玛丽昂·歌迪亚 饰）选中，来参加一个能让人类摆脱暴力冲动的计划。虚拟现实机器Animus能让用户体验祖先的记忆，被绑在机器上之后，卡勒姆·林奇意识到他是生活在西班牙宗教法庭时期一位刺客阿圭拉的后裔，他们寻找的是可以控制自由意志的伊甸园苹果。索菲娅在父亲艾伦（杰瑞米·艾恩斯 饰）施加的压力下不情愿地操纵着卡勒姆·林奇回到过去寻找伊甸园苹果在现代世界的下落，威胁着他身体和心理的健康。但在杀手同行穆萨（迈克尔·威廉姆斯 饰）暗示了卡勒姆·林奇，提醒他艾伦有可能动机不纯之后，卡勒姆·林奇开始重新考虑他的行为和动机，而人类自由意志的命运也变得悬而未决……