《豆小鸭迷你小冒险》是关于三个小伙伴和一个机器人的故事，他们充满好奇心和无穷想象力，把日常生活的每一个小想法和小任务都变成一次有趣的历险，他们能把投篮练习变成一次太空之旅，也能把一起看电影的夜晚弄得状况频出，生活中的每一件琐事，都会往最意想不到的方向发展。

中国军队从神秘的「黑盔甲」兵团手中成功拯救出被掳走的少年天宝。天宝获救后，发现自己拥有神秘的预知能力——能够看到一些灾难发生的零碎画面，有雪崩、海啸、风暴等等。每当天宝看到这些画面之后的不久，竟会在现实生活中发生相同的灾难。为了保护天宝、对抗「黑盔甲」兵团，中国军队成立了「世界维持和平保卫队」，并开始启用研究已久的机械装甲——「御武甲」。数次交手之后，「维和队」发现，天宝预见的那些自然灾害竟与「黑盔甲」兵团有关。原来，这些「黑盔甲」兵团来自「亚古星」，他们来到地球的真正目的是偷取地球丰厚的生态资源。当这些资源被「黑盔甲」兵团窃取后，生态系统失去了平衡，自然灾难也因此发生。「维和队」在与「黑盔甲」兵团的交锋中活捉了兵团首领尼克。不料，尼克却道出了「黑盔甲」兵团的苦衷：「魔星国」妄想称霸宇宙，故而逼迫「亚古星」来地球为其掠夺资源。为了保卫地球的生态系统，为了帮助「亚古星」恢复原有的生活，「维和队」决定与「亚古星」共同对抗「魔星国」。

顾凌因为一次片场事故穿越成了剧本中的炮灰女二，需完成系统神秘任务才能回到现实世界。面对剧本中男女主们的刁难杀局，贺云盛拼死相救，顾凌在被传送回去的最后一刻选择贺云盛，舍弃回到现实世界。

一直憧憬单身主义并决定单身的徐小溪，在父母的逼迫相亲下逃到了上海工作，租房之时因房东给错房间钥匙，误进了肖鑫表弟宋毅的房间，看到了借住在宋毅房间的肖鑫和刚洗完澡的宋毅，搞得尴尬至极。因为没有其他房子，徐小溪只能在房东的安排下硬着头皮住了进来，徐小溪总觉得两人面熟，但想不起在哪里见过。

神经外科副教授顾云峥在拉卡亚执行医疗援助任务时，偶遇弃医从商的“逃兵”苏为安，二人从欢喜冤家到互生情愫，他逐渐发现她所有的反常行为源于她携带亨廷顿舞蹈症致病基因。爱人让他对全国三万名亨廷顿患者及家属无药可治的悲伤绝望感同身受，顾云峥决定放弃大好前程，毕生投入到治愈这种罕见病的研究中去，与爱人并肩在黑暗中凿出一道光。