电视剧《暗算》分三个部分，分别是——第一部《听风》、第二部《看风》、第三部《捕风》。《听风》，即无线电侦听者；这是一群“靠耳朵打江山”的人，他们的耳朵可以听到天外之音，无声之音，秘密之音。《看风》，即密码破译的人；这是一群“善于神机妙算”的人，他们的慧眼可以识破天机，释读天书，看阅无字之书。《捕风》，即我党地下工作者；在国民党大肆实施白色恐怖时期，他们是牺牲者，更是战斗者，他们乔装打扮，深入虎穴，迎风而战，为缔造共和国立下了不朽的丰功伟业。

南水北调，是一项关系到中华民族福祉的战略性工程。为了此项事关人民生存与发展大计的伟大工程，无数工程建设者和沿线移民用实际行动谱写了一曲感天动地的奉献之歌。董望川（李幼斌 饰）是南水北调中线工程的副总指挥，他与妻子周晓丹（俞飞鸿 饰）为工程忙于各自工作，聚少离多，原本稳固的感情渐渐暴露出问题。在技术攻坚阶段，董望川的学生也是最得力的助手江浩（段奕宏 饰）竟然离他而去，跳槽到一家高薪企业。同时住在库区的亲属坚决反对移民搬迁。种种压力纷至沓来。为了确保工程如期保质完成，董望川亲自坐镇一线，并推荐妻子周晓丹负责移民工作。在最关键的穿黄工程中，大型盾构机突然出现严重故障。当众人一筹莫展之时，江浩挺身而出，化险为夷。北京五棵松地铁站下，一场世界水利工程史上的奇迹被创造。通水日期即将到来，所有人都在为工程的顺利竣工做着最后的努力……

宋朝、刘海洋、黄天成是警校同窗，宋朝因犯错被开除，警察梦破灭。刘海洋、黄天成顺利毕业成为了真正的警察。 被警校开除的宋朝受刘海洋之父刘守义之托，混进贯宇集团调查一桩纵火案。刘守义在跟宋朝接头时，被贯宇集团手下胡龙带人杀害，胡龙则在行凶时被刘守义开枪击伤后逃跑下落不明，宋朝被当成杀人疑凶而被迫踏上逃亡之路。 刘海洋跟宋朝不仅是同学，更是妻子楚洁的前男友，新仇旧恨让刘海洋发下毒誓要将宋朝绳之以法。而此时，宋朝也在为脱罪积极调查真相，并找到昔日同窗黄天成寻求帮助，不料却在追逃过程中陷入更危险的境地，命悬一线之际，他们才发现这一切竟是一名叫胡紫薇的女人所为，而胡紫薇的背后隐藏着更大的阴谋与罪恶。 光明与黑暗，正义与邪恶，扑朔迷离，环环相扣，最终“魔高一尺、道高一丈”。

该剧根据梁晓声的同名小说改编，以居住在北方某省会城市的一户周姓人家三代人的视角，描绘了十几位平民子弟在近50年时间内所经历的跌宕起伏的人生，全面展示了改革开放以来中国所经历的翻天覆地的社会巨变，歌颂了中国人民拼搏向上、艰苦奋斗的伟大历程，以及勤劳正直、自尊自强的美好内心。

据说该片的创作灵感来源于董润年的一个脑洞：“如果有一道神秘的光把一部分人抓走，社会的平静与法则被打破，我们该怎么办？” 在导演的脑洞中，光代表什么？为什么人会被光抓走？谁会被光抓走？留下来的人要怎么办？这一系列疑问未来都需要在片中得到解答。