刘建明（刘德华 饰）在陈永仁（梁朝伟 饰）被杀10个月后接受警队内部调查，被架空职权，加上家庭的变故，他的精神状态每况愈下，但他坚信局面很快就会扭转。年轻警司杨锦荣（黎明 饰）在同事看来是怪人一个，他正凭着过人的业绩迈向警队最高层。为了搞清楚杨锦荣的真实身份，刘建明开始对其调查。 刘建明渐渐发现韩琛（曾志伟 饰）旧日的生意拍档沈澄（陈道明 饰）与杨锦荣有着千丝万缕的关系，为了置杨锦荣于死地，也为了不让自己的身份曝光，渴望做个好人已久的刘建明开始千辛万苦地找寻一个又一个证据，可是他总在最接近真相时功亏一篑。

香港廉政公署一单经济案件的证人许植尧缺席出庭并且出走英国，调查员靳敬鸣需要在一个星期内将他找回。靳的妻子兼同事江语嫣被派往英国劝说许归港作证，历经险阻。当许决定回港的时候，案件却出现波折。

廉政公署一宗经历多年调查的严重非法内销行贿案件，竟因首被告理达贸易集团负责人陈超群弃保潜逃，以及唯一重要证人兼举报者，理达的前任财务总监许植尧缺席出庭作证，导致法庭勒令延审一星期！为了7天后案件顺利重审，ICAC展开全面行动。负责此案的队长陈敬慈和负责寻找证人的江雪儿原是廉政公署一对恩爱夫妻，如今已分居多时，为了案件不得不联手合作。在抓捕陈超群和寻找许植尧的过程中两人都意外发现他们背后隐藏的另一重身份。一个谜团的解开是另一个谜团的开启，背后的阴谋远远超出所有人的想象，烟幕笼罩下光明之路在何方？

林凯是李建国安插在贩毒集团的卧底，他逐步渗透到“双鹰”贩毒集团后，发现幕后头目“老鹰”与八年前李建国作为卧底调查的贩毒集团有关，还囚禁了当时李建国的上级，最终林凯与李建国巧妙配合捣毁了整个贩毒集团。

情报科窃听小组三兄弟情同手足，梁俊义正直而又懦弱，在个人感情问题上托泥带水；杨真家境窘困，不仅要应付身患白血病儿子的随时可能出现的突发情况，而且自己也病入膏肓，命不久矣；林一祥年轻有为，满怀雄心，如今又“嫁入豪门”，前途不可限量。三兄弟负责调查上市公司“风华国际”涉嫌内幕交易案起始，通力合作，出色的完成了布置各种偷听及监视仪器的工作。