近年来演惯了平民“老好人”的张国立，此番在《草根王》中彻底颠覆以往形象，出演了反一号刘尚文——一个混迹于南市，以警察的身份为幌子招摇撞骗、嗜赌如命，最终沦为汉奸的大恶人。全剧的第一主角朱山，由实力派演员王志飞扮演。朱山自幼对《周易》颇有悟性，后被奸人所害入狱。在狱中，他拜师学艺，进入了“高买”行（旧时指劫富济贫的侠盗），后来又以相士的身份作为伪装，与日本人斗智斗勇，保护了中国的国宝。

从宫中逃亡出来的宫女王宁氏，带着襁褓中的女儿流落民间。20年后，女儿柳如是长成一位绝色才女。一次偶然的机会，她与赫赫有名的文坛领袖钱谦益在秦淮河畔邂逅了，二人由敬慕彼此的才华而心生爱意。在经过无助而无奈的时空等待、感情试探和生活考验之后，二人终于互明心迹并终成眷属 　　然而一场大的时代变革到来了，宛如一场风暴把两人脆弱的爱情推向危机四伏的边缘。清朝摄政王多尔衮率八旗劲旅兵临南京城下，南明王朝君臣四散，留下钱谦益独撑危局。钱谦益为全城百姓免受涂炭，将南京城拱手相让。 　　多尔衮入城以后，将柳如是软禁在软香阁里劝她归顺。柳如是靠智慧和胆识使多尔衮甘拜下风，使多尔衮意识到，仅仅靠武力是不能使天下一统的。

某个黑夜，一名间谍潜入日本警察机关企图盗取一份机密文件，这份文件内容中含有英国“MI6”、德国“BDN”、美国“CIA”，甚至还有“FBI”等各国谍报机构的相关人员名单。千钧一发之际，安室透率领的日本公安赶到，间谍夺车逃跑，高速公路大桥上上演激烈追逐战，其他的车辆也被卷入其中，眼看要酿成惨重事故的瞬间，间谍的车被FBI赤井秀一用来复枪射中，从大桥坠入海中。 第二天，柯南等人来到东都水族馆游玩，他们在巨大摩天轮底下，发现了一位独自一人又负伤的漂亮女子，仔细一看她的两只眼睛的瞳孔颜色不一样，也就是俗称的“阴阳眼”。可是，这位女子已经是连自己名字都不记得的失忆状态，带的手机也已经损坏。为了帮助她找回记忆，柯南等人约好了和她同行。没想到，这一切都被贝尔摩德暗中监视着……

1948年6月的平西，已经被中国共产党解放，成为东北地区的一个重要兵站。但是由于第二次世界大战的历史沿革，平西名义上还是一个国际共管城市。所以，在这座有着远东色彩的北方都市中，同时存在着中共军事管理委员会、苏军联络处、美军驻华观察站等多方力量。1948年的6月，国共两党的上百万大军都在频繁地调动着。但是，平西还在表面的平静中。随着一纸命令的到达，这种短暂的平静很快被打破了。

位于东京的东都线地铁开通当日，一起针对东京都知事朝仓优一郎的炸弹袭击事件爆发，导致东都线列车损毁。经过一番推理，柯南等人认定这与8年前朝仓主持负责的北之泽水坝的修建有关。当年为了修建大坝，朝仓动员北之泽村的人民搬入新村，可是仍有许多人反抗到最后阶段。为了探明真相，柯南等人开赴白雪皑皑的北之泽。在这片纯净的雪国，少年们尽情玩耍，与此同时他们也遇到了几名原北之泽村的村民，山尾溪介、远野瑞希、立原冬美等人。他们是从小一起长大的好朋友，而彼此之间似乎又有着某种芥蒂和秘密。