十八岁的怀玉，男装上街游玩，巧与微服出巡的康熙邂逅。一日，怀玉与未过门嫂嫂成莹上街，遭尚之信调戏。康熙寻至与傅怀玉并肩混战，危急间，吴应熊介入，并化解了这场纷争，三人邂逅一见如故，结为金兰兄弟。

隐姓埋名的侯府公子左卿辞，因寻找一卷遗失的山河图，结识了为救师父而易容的盗贼飞寇儿。飞寇儿背景神秘，因侠义之举曝光身份，竟是正阳宫孽徒苏云落。江湖群起攻之。左卿辞为救苏云落，不惜深陷江湖争斗。此时危机频发，侯府满门遭到奸臣威宁侯陷害，左卿辞被迫卷入家国乱局。苏云落与之一同抽丝剥茧，翻出一段江湖秘史，更牵连出一段多年前的朝堂秘闻。两人历经千险，既是爱人，又是战友，最终肩并肩地扛起家国重担，协助扳倒了朝堂奸臣，也还江湖一片正气。

北垣皇室有一个不为人知的秘密，历届皇帝都逃不过在青壮年就因病而死的结局。大皇子萧禾自从知道了这个秘密，与二皇子萧禹开始了一系列故意装弱装风流的戏码，就是为了不被立为太子。但这个局面被来联姻的东灵郡主傅祁打破，她怀着自己的目的一心要把萧禾扶上太子位……

本剧根据徐克执导的3D武侠电影《龙门飞甲》改编，延续了龙门客栈的传奇，结合了宫闱之争的秘史，既是一场刀光剑影，尔虞我诈的乱世江湖，又是一段腥血雨，勾心斗角的深宫谍影。

讲述在天下三分、烽火四起、英雄辈出的时代，两个不被乱世聚焦的“小人物”——陈恭与荀诩，在惊心动魄的谍战中爆发出夺目光辉，于历史之外谱写出一段英雄传奇。