20世纪末，世界各地的天才少年组成了一个名为炼金之星的组织，其成员之一的高山我梦，作为XIG的一员，靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后，投入了同CRISIS计算机所预测到的根源性灭亡招来体进行的誓死决战中。另一方面，已脱离炼金之星的藤宫博也坚定地认为，对于地球而言，人类才是真正的癌细胞。他凭着蓝光的威力，变身成与盖亚相对立的蓝色奥特曼阿古茹·奥特曼。

跨越时空苏醒的光之巨人特利迦奥特曼，苏醒了！3000万年前，一股黑暗力量使世界陷入恐惧。最后是光之巨人将黑暗封印到了遥远的宇宙中。不过，光之巨人也用尽了自己的力量，在红色星球上陷入了长眠。时光流转，地球和平同盟“TPU”在地球组建了精英小组“精英胜利队”。主人公真中剑悟生活在新开拓的火星上，他有一个梦想，就是守护大家的笑容。剑悟平日里在植物研究中心工作，他是名植物学家。最近他总是重复做一个恶梦，梦里总出现一名神秘的巨人，这让他十分苦恼。有一天，超古代封印的黑暗突然再次来袭，打破了火星安稳宁静的生活。当火星的街道被怪物破坏时，剑悟在命运的引导下，和沉睡的光之巨人相遇了。这次相遇会给他和地球带来怎样的影响呢？

零一没有结束——灭亡迅雷站，复活！哉亚公司的ＣＥＯ——里昂 亚克兰德，掳走了灭亡迅雷站的迅。 灭、亡还有雷想要去救迅，却看到了大量的“士兵型修码吉亚”。里昂的目的是大规模生产没有自我意识的“士兵型修码吉亚”，把他们当成武器，卖往全世界各国。 修码吉亚将被当成武器利用，迅对这一事实感到愤慨，并告诉灭他想解救这些修码吉亚。 于是灭亡迅雷站的四人，变身成了假面骑士，为救出“士兵型修码吉亚”而战斗。但就在那时，迅突然有些不对劲... 被里昂俘虏的迅到底经历了什么？一切都按照里昂的“计划”进行着，对人类而言的“最大威胁”， 将以令人意想不到的方式诞生——。

特利迦奥特曼与黑暗巨人的战斗结束数年之后，地球再次迎来了和平的年代。现在已经基本见不到怪兽的踪影了，怪兽带来的灾害影响也已经渐渐地淡出了人们的视线。人类已经开辟了火星移居地，并打算组建新的队伍开辟第二个火星移居地。地球上的人类开始了探索宇宙的征程，现在进入了新领域时代。结果，在探索的过程中，宇宙神秘生命体斯非亚突然出现在了主人公明日见奏大所在的小队面前。斯菲亚对地球发起了侵略，并断绝地球和宇宙的一切通讯，地球变成了“孤岛行星”。奏大原本在宇宙港送货，结果却遇到了斯菲亚的袭击。奏大为了掩护其他人逃走陷入了死亡。就在此时，新的光出现了！在光的笼罩下，奏大变身成为了德凯奥特曼。获得了变身能力的奏大与新生精英胜利队的队员一起，与斯菲亚展开了新的斗争！

回顾泽塔奥特曼和迪迦奥特曼的英雄事迹。泽塔奥特曼是赛罗奥特曼的徒弟，拥有着和赛罗一样的热心肠，是一位非常积极向上的奥特英雄。而且，泽塔非常崇拜他的师父赛罗。赛罗虽然嘴上不承认这个徒弟，但其实心里还是很看好泽塔的。这次和泽塔奥特曼有关的人类，是一位名叫夏川遥辉的热血青年。遥辉是怪兽应对机甲部队“军械库”的一名队员。21世纪初期，地球不再有侵略和战争，人类期盼已久的和平终于到来了。地球防卫军组织也因此完成了历史使命，TPC( 地球和平联合) 组织成立，人类迎来了新的的时代。但是，在实现世界性非武装化的2007年，地球又突然出现了怪兽。大古队员全身被光所包围，并融身于剩下的1座巨像内，迪迦奥特曼在现代复活了！迪迦的故事随之展开。