小新是一个正在幼儿园上学的小男孩，住在春日部郊区某住宅区一栋二层小平房。小新喜欢漂亮的姐姐和辣妹，性格总是我行我素。擅长的技能是“屁股外星人”和“大象”。他家由父亲广志和母亲美伢组成了一个三人家族，随后又添加了流浪狗小白，随着故事展开，又加入了新的成员妹妹野原葵。调皮又好色的小新总是不断地惹麻烦，妈妈不在家时便把家里搞得乱七八糟。

Hand Shakers——将手牵起，利用从深层心理诞生的武器“宁录”互相战斗的人们。为了实现自己的“愿望”，从而见到神，将神打败，众多的Hand Shakers以此顶点为目标，互相竞争。存在于那尽头的事物是—— ——大阪 擅长摆弄机械的高中生手纲，接受了某个修理委托而来到大学的研究室。他在那里，与一直睡在床上的一位少女小代理相遇了。如同被什么引导一般触碰到小代理指尖的手纲，听到了从某处倾注而下的声音。 ——跨越众多战斗，超越试炼之人。 接受启示之人。企图见到我，挑战我之人。其为“Hand Shaker”—— 由于在眼前延伸的异质世界“金字形神塔”而困惑的手纲。刹那间，手纲和小代理遭到了某人的袭击——。企图见到神的诸多Hand Shakers，阻挡在手纲和小代理的面前。赌上他们各自的“愿望”……去守护吧，用这双手！

纽约崩坏后，一夜之间便架构成“赫尔沙雷姆兹·罗特”这个城市。在连系着异世界与现世界的这个魔都里，有个为了保持世界的平衡而在暗地里非常活跃的组织——秘密结社莱布拉！！少年雷欧在一连串的巧合下，加入莱布拉，他身上所隐藏的秘密将会对莱布拉造成什么影响…！？

风都市民因盖亚记忆体试验品而变成了掺杂体作乱，假面骑士双骑解决了这一难题。可突然间出现了一位名叫米娜的神秘女子。她对双骑充满了恨意，一心想要复仇，于是用超能力对双骑展开了猛攻。但众人听闻了米娜心中恨意的根源后，都感到十分意外……根据米娜所说，原来那个将风都推向深渊的犯人大道克己，也就是假面骑士永骑，竟然是将米娜等人救出地狱的大英雄！恐怖组织“不死者”，还有假面骑士永骑诞生的秘密，“恶魔（永骑）”的真实一面就此揭开！

自风都塔建立30年以来，风都的和平持续了相当长一段时间。但是就在这个夏天，这座平静的城市再起波澜。一群本应死亡的Dopont突然出现在街头，对周遭进行大肆破坏。左翔太郎和菲利浦合体变身为假面骑士W，风都警署警官照井龙则化身假面骑士阿克塞尔，与入侵的Dopont进行殊死搏斗。在国际特务调查机关员玛丽亚·S·克兰贝蒂的协助下，正义战士们击退了入侵者，却发现他们原本都是佩戴了盖亚记忆体的普通市民。从玛丽亚的口中得知，国际重犯大道克己及其邪恶组织“Never”的成员们劫持了编号A~Z的26个盖亚记忆体，他们的阴谋是占领风都。 一场激烈的正邪战争即将展开……