- 柯南和少年侦探团在参观一座西多摩新建的双子摩天大楼时,意外的发现了黑暗组织成员琴酒(Gin)。随后又发生了杀人事件。杀人事件还在继续,共同点是每名死者身边都会留下一个小的酒杯。就在柯南和少年侦探团寻找凶手的时候,琴酒也得知他正在寻找的叛徒雪莉将在不久之后参加西多摩双子大楼的落成典礼,并准备在典礼上将她刺杀。在典礼会场上,短暂的黑暗之后又有一人被害。现场也留下了小酒杯,显示凶手和之前的为同一人。就在警方和毛利小五郎调查案件的时候,琴酒引爆了藏在大楼内的炸药,销毁了黑暗组织和常磐财团的交易证据,同时将楼顶的柯南一行人陷入了危险之中。
- 毛利侦探事务所突然接到一通威胁电话。之后,路上的汽车就在小五郎的眼前爆炸了!“蓝色的少年与蓝色的斑马,从天而降的雨……”根据犯人寄来的挑战书,若不能解读谜之暗号,便无法阻止接下来的爆炸。小五郎和毛利兰在米花市内来回奔走,却完全找不到破解暗号的方法。另一方面,此时的江户川柯南与灰原和少年侦探团一起,沉浸在观看最爱的足球比赛的快乐之中。正当比赛渐入佳境之时,从兰打来的电话那里,柯南得知了威胁电话的事情。柯南为了解读暗号独自一人离开赛场,却得知了无人能够阻止的恐怖事实。