钢铁武士为了保护艾美拉娜公主被人工星球囚禁在星球内部。赛罗奥特曼、火焰战士还有镜子骑士为了救他们也进入到了这个人工星球内部。在人工星球移动的过程中，被雷和日向撞见，于是雷和日向也进入到了这个星球内部。这个人工星球叫比特星球。星球内部为空洞，星球的中心有人造太阳，在其公转轨道上有月球。星球内的外壳内壁上有未来建筑物的废墟，再向内部延伸有岩石山体与干涸的海床。星球内部没有人，比特星球穿梭各个宇宙，它出现的地方会发生重力异常。比特星球的在內部造了大量的机器人军团，其目的是抹杀一切有机生命体。赛罗他们为了救出困在里面艾美拉娜公主，而与机器人军团相遇。不过非常糟糕的是，钢铁武士被比特星球控制，甚至还出现一台非常厉害的机器人钢铁杀手，连赛罗奥特曼都难以招架。要想救出被困的公主还有钢铁武士，众人必须找出幕后黑手才能阻止这一切。

在不久之前，市内发生了连环杀人事件，遇害人每一个都是音乐家，而且他们均出身于著名钢琴家领衔创建的一所音乐学院。江户川柯南、毛利小五郎、毛利兰、少年侦探团等一行人，收到了一位著名钢琴家的邀请，出席由他出资建造的音乐厅的落成典礼音乐会。该音乐会最大的亮点是巴赫弹奏过的管风琴、世界著名的斯特拉迪瓦里琴的音色，以及拥有绝对音感的天才歌手的歌声。可是万万没想到，在音乐会正式举办之前，陆续发生了许多可疑的案件，让每个人都忧心忡忡。而且，在音乐会正式开演当天，江户川柯南他们所在的音乐会会场突然发生了很大的爆炸，整个会场陷入一片火海之中。江户川柯南根据线索一步步地查明了几起案件的联系，并在最后找出了案件背后的真凶。

贝利亚军团被毁灭后，赛罗奥特曼与火焰战士、镜子骑士、钢铁武士组成了“终极赛罗警备队”。现在他们准备再次拜访艾美拉娜公主。因为钢铁武士等不及面见公主殿下，所以他就率先出发了。没想到等赛罗、火焰战士、镜子骑士赶到的时候，却发现钢铁武士抱着公主殿下的飞船，被神秘星球给抓住了。另一边，雷与日向船长驾驶飞船前往行星布拉姆，准备去海边度假。没想到在飞行的路上，眼前突然出现了之前赛罗他们遇到的神秘星球。日向船长拜托熊野队员帮忙调查这颗星球的情况，随后雷和日向船长驾驶飞船潜入了星球的内部。在星球内部雷和日向遇到了艾美拉娜公主，艾美拉娜公主警告雷和日向会有危险，可是雷和日向没有听到。结果雷和日向的飞船就遭到了神秘机器人的袭击。千钧一发之际，赛罗奥特曼、火焰战士还有镜子骑士出现了，解决了眼前的危机。

奥特战士们的故乡——M78星云“光之国”遭到神秘敌人的突然袭击，赛罗奥特曼对自己的力量过于自信，差点失手。在父亲赛文奥特曼的帮助下，赛罗奥特曼成功突围并消灭了敌人。为了弥补自己的草率，赛罗奥特曼只身一人担负起一探敌人真正身份的任务。他戴着父亲给予他的万能物品——奥特手镯，向着未知的宇宙空间，独自踏上旅途。在旅途中，赛罗感受到有声音在召唤他，赛罗跟着召唤他的声音，来到了一个未知的行星。赛罗在拯救行星上的人们时，他和身负重伤、奄奄一息的青年“岚”以及他的弟弟“小治”相遇。赛罗奥特曼被岚的勇气所感动，与他合为一体，以岚作为人类形态，拯救了岚的生命。 后来，赛罗遇见了行星艾斯美拉鲁达的公主艾美拉娜，赛罗通过艾美拉娜知晓了敌人的真正身份，操控神秘军团的幕后黑手“银河皇帝贝利亚”！曾被奥特战士们齐心打倒的邪恶奥特战士贝利亚复活了！他创建了强大的银河帝国，展开了称霸宇宙的征程！

铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船……