阳光明媚的一天，东都体育场正进行一场精彩的足球比赛，江户川柯南、灰原哀、阿笠博士以及少年侦探团的伙伴们齐齐到场呐喊助威。城市的另一边，侦探事务所内的名侦探毛利小五郎却接到一通恐怖袭击的电话。这不是游戏或虚张声势，像是在挑衅毛利小五郎一般，路上的汽车在眼前爆炸。阻止犯人犯案的方法只有一个，那就是解读犯人留下的神秘暗号！经过一番努力，毛利兰终于拜托工藤新一解开了犯人留下的暗语，成功拯救了无数人的生命。在此之后，警方和毛利小五郎一起锁定了数名嫌疑人，嫌疑人是足球选手、俱乐部老板、媒体人，他们都是和足球界有很深关联的人。与此同时，躲在暗处的犯人继续策划新一轮的袭击，前所未有的大挑战、争分夺秒的对决、裹挟着无数怨恨的袭击强势袭来！

毛利侦探事务所接到了爆炸预告电话。毛利小五郎怀疑这是恶作剧，但紧接着停在事务所前路上的车爆炸了。犯人在留下了神秘暗号并威胁说：“如果找不到炸弹的话，将会有更多的人牺牲。”那个时候，在东都体育场观看J联赛比赛的柯南，因为小兰打来的电话开始针对听到的爆炸预告进行暗号解读。在时间逼近的时候，柯南能平安找到炸弹吗？

大耳查布是有着大耳朵、咖啡色毛茸茸身体、无辜的眼神的不知名生物，它看起来像是猴子又像是小熊。原本生活在热带丛林里的它，在一次意外中被装进了水果箱，运送到了俄罗斯的某个小镇。盖拿是一只在动物园工作的鳄鱼，有次买了箱橘子，打开时发现里头沉睡着一只小小动物。这小小动物害羞又可爱，由于总是站不稳又常跌倒，盖拿为它取名为“大耳查布”Cheburashka，意思是东倒西歪的小家伙。可爱的大耳查布虽然身世成谜，但心地善良，还有着比一般人更旺盛的好奇心。他和个性温和、爱唱歌的鳄鱼盖拿相互依靠，一起展开了在这个陌生小镇的新生活，渐渐地也结识了许多新朋友，受到小镇居民们喜爱，大家一起快乐地度过每一天……

钢铁武士为了保护艾美拉娜公主被人工星球囚禁在星球内部。赛罗奥特曼、火焰战士还有镜子骑士为了救他们也进入到了这个人工星球内部。在人工星球移动的过程中，被雷和日向撞见，于是雷和日向也进入到了这个星球内部。这个人工星球叫比特星球。星球内部为空洞，星球的中心有人造太阳，在其公转轨道上有月球。星球内的外壳内壁上有未来建筑物的废墟，再向内部延伸有岩石山体与干涸的海床。星球内部没有人，比特星球穿梭各个宇宙，它出现的地方会发生重力异常。比特星球的在內部造了大量的机器人军团，其目的是抹杀一切有机生命体。赛罗他们为了救出困在里面艾美拉娜公主，而与机器人军团相遇。不过非常糟糕的是，钢铁武士被比特星球控制，甚至还出现一台非常厉害的机器人钢铁杀手，连赛罗奥特曼都难以招架。要想救出被困的公主还有钢铁武士，众人必须找出幕后黑手才能阻止这一切。

在不久之前，市内发生了连环杀人事件，遇害人每一个都是音乐家，而且他们均出身于著名钢琴家领衔创建的一所音乐学院。江户川柯南、毛利小五郎、毛利兰、少年侦探团等一行人，收到了一位著名钢琴家的邀请，出席由他出资建造的音乐厅的落成典礼音乐会。该音乐会最大的亮点是巴赫弹奏过的管风琴、世界著名的斯特拉迪瓦里琴的音色，以及拥有绝对音感的天才歌手的歌声。可是万万没想到，在音乐会正式举办之前，陆续发生了许多可疑的案件，让每个人都忧心忡忡。而且，在音乐会正式开演当天，江户川柯南他们所在的音乐会会场突然发生了很大的爆炸，整个会场陷入一片火海之中。江户川柯南根据线索一步步地查明了几起案件的联系，并在最后找出了案件背后的真凶。