柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”度假。这座岛屿自古流传着关于沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着很大的关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger”后，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开谜题。

梦比优斯在巡逻时接收到光之国的讯息，得知希卡利在怪兽墓场陷入危机，遂马上赶往救援，并与已经抵达艾斯、泰罗碰头。梦比优斯赶到怪兽墓场时，发现艾斯和泰罗已经落入四天王的圈套并被擒做人质，而希卡利竟然和四天王合作，逼迫梦比优斯进入炎之谷取出终极战斗仪。梦比优斯无法相信这一切，却也无可奈何，只好进入炎之谷，并与新认识的伙伴机械扎姆联手战胜了守卫炎之谷的芝顿，最终取得了终极战斗仪。实际上，希卡利是假意和四天王合作，在梦比优斯拿出终极战斗仪的一刻，就利用终极战斗仪的力量救出了被抓的艾斯和泰罗。奥特兄弟借此得以发起反击，并以绝对优势击败了暗黑四天王。没想到的是，美菲拉斯星人在临死前，触发了机械扎姆的隐藏身份，原来机械扎姆是安培拉星人的复活装置。为了阻止安培拉星人的复活，梦比优斯最终只好亲手消灭了这个新的朋友。

以东京为中心发生了6起连环杀人案件。除目暮警部外，还有各县刑警和小五郎参加了调查会议。令柯南意想不到的是，他发现一位会议上的刑警进入了一辆跑车里。“那辆车……难道是，琴酒的？”“黑衣组织”中的一人潜入了调查会议，并乘琴酒的车逃走了。连续杀人案件是“黑衣组织”搞的鬼吗？危机一触即发！如果让琴酒知道工藤新一还活着的话，不仅会危及新一，还有柯南身边的人。意识到事情危险性的柯南独自开始调查。

一年一度的七夕即将到来，东京、神奈、静冈、长野等地却接连发生六起连环杀人案。被害者身边皆留下麻将牌中的七筒和奇怪暗示。由于案发范围过大，各地警署探员纷纷聚到东京警署的专案组共同研究案情，名侦探毛利小五郎也被邀请参加，江户川柯南则偷偷听取了会议的内容。会后，江户川柯南无意中听到群马县的山村操警官哼唱的童谣，继而发现有黑暗组织的成员混进警察中间。在一次围捕行动中，柯南遇到假扮人质的苦艾酒，得知近期一连串的杀人案件与存有组织内部人员资料的记忆卡有关。与此同时，潜入警察内部的间谍偷偷盗取工藤新一和柯南的指纹，新一的身份眼看就要被拆穿了，巨大的危险正向柯南和他身边的人急速袭来！意识到事情危险性的江户川柯南独自展开了调查……

最强战士贝利亚因为渴望力量偷取等离子火花塔而坠入黑暗，走上歧路的贝利亚发起了一场叛乱。最后还是奥特之王亲自出手才平定了这场叛乱，并将贝利亚打进宇宙监狱。多年以后，扎拉布星人拿着终极战斗仪在宇宙监狱救出了贝利亚。重获新生的贝利亚直接杀回光之国，以报当年被封印之仇。一场大战过后，贝利亚夺走了光之国的核心能源，最终导致奥特之星瞬间冻结。只有少数奥特战士得以成功逃离，剩下的奥特战士都被冻结在奥特之星上。梦比优斯奥特曼等少数逃出的奥特战士，肩负着光复光之国的使命。不过仅靠他们几位奥特战士的力量还不足以对抗邪恶的贝利亚，所以需要更多的力量才行。后来在对抗贝利亚的战斗中，赛文奥特曼陷入危机，其他奥特战士的情况也不容乐观。于是，赛文奥特曼发出了求救的飞镖。远在他乡修行的赛罗奥特曼，原本正在雷欧奥特曼的指导下，进行高强度训练。结果突然看到自己父亲的头镖飞了过来，在奥特之王的指引，赛罗奥特曼提前结束修行，火速赶往怪兽墓场，支援自己的父亲。