该剧讲述了1939年抗日战争进入相持阶段，龙虎山抗日游击支队女子别动队与日本人进行浴血奋战，先后完成了夺取藏宝图、截获731细菌样品、保护国家文物、运出盘尼西林、夺取特高科密码本、营救重要人物等异常艰难的任务，最终粉碎了敌人细菌战的故事。

冯天魁（陈宝国饰）是川军永州守备司令兼66师师长，掌握着重兵之权。在外，各方势力对他虎视眈眈；在内，三位姨太太沈虹（陈数饰）、王如烟（唐一菲饰）、春妮（张一鸾时）表面相互争宠，实则各怀鬼胎。在这种危机四伏的情况下，为了自保，冯天奎假装言行粗鄙、行事荒唐，步步为营，粉碎了敌人一次又一次的阴谋诡计。抗战爆发后，冯天魁率领川军走出四川，决死抗日，保家卫国。

国民党军医彭天戈的父亲彭振才受政府秘密委派，假意投敌。彭天戈为证明父亲清白，遭日本特务陷害，被判死刑。民间爱国锄奸组织头领火麒麟将其救下，并将彭天戈培养成令敌、伪胆寒的顶尖杀手。共产党地下特工宋卓凝利用分享者电视军统情报人员的身份多次搭救彭天戈，引导彭天戈走上革命道路，并与之产生感情。由于背负罪名，彭天戈与昔日恋人柳沉雪无法相认。柳沉雪遂与另一江湖杀手杜善起走到了一起。杜善起为日本皇族后裔，被爱国义士杜定海从小收养，却唯利是图。柳沉雪的真实身份是日本特务，她将杜善起推入了日伪的怀抱，沦为特务鹰犬。于是，彭天戈与杜善起在战场上几番较量。最终柳沉雪逃不脱情殇，为救彭天戈丧命。最后一场厮杀中，一对杀手冤家的角逐分出了胜负，杜善起被彭天戈铲除。彭天戈带着重伤的宋卓凝和父亲前往延安。

抗日战争中，陈挺(杨烁饰)这个曾经受西方文化熏陶，也同样接受了共产主义洗礼的战士，肩负党的特殊使命， 在留洋热血青年中精心挑选身怀绝技的抗日志士组成尖刀小组，深入敌后开展抗日特工活动。 他们中有西点军校的高材生、武林高手、绝世“神偷”、爆破工程师、高级锁匠等。他们一踏上祖国的土地就进入了以北岛宏为首的日本特高科的视野，国丄民党军统特务组织也极力拉拢他们，更为惊险的是尖刀小组成员中竟隐藏着日本樱花雪特务组织的特工。 在危机四伏、险象环生之中，在我党指挥引导下，尖刀小组成员各展神技，执行各种艰巨任务——刺杀日军将领、炸毁军事目标、巧取机密情报、营救被俘战友，一次次行动令人惊心动魄，完成了一次次“不可能完成”的抗日任务。

《护国军魂传奇》讲述重九起义后蔡锷及家人被袁世凯“请”到京城，扣为人质，蔡锷在看清袁世凯真面目后，破除重重困难，经日本，转台湾、香港地区，再过越南，最终返回云南反袁的故事 .1911年10月30日，蔡锷在云南发动重九起义，响应武昌起义，大清朝终于在众多有识之士的努力下，落下了帷幕。