五只古灵精怪的“彩虹萌兔”每天都会到不同的地方尝试各种新生活，神经大条的它们在新环境中依旧能自娱自乐，但由此也引发了一系列爆笑“囧事”。

小镇居民突发疾病，出现了未知的花粉过敏，在画家先生的指引下，拇指联盟发现东方渔城在明珠塔的守护下居民们都安然无恙，于是决定前往渔城的明珠塔，寻找明珠塔尖的橙色宝石来治愈小镇的居民。拇指联盟在渔城遇到了电脑高手小杰，在小杰的帮助下，拇指联盟得到了橙色宝石并治愈了小镇的居民，同时阻止了黑衣人邪恶的计划。

拇指联盟和小镇居民们为镇长庆祝生日之时，镇长袒露心病，自己的儿子乐乐失踪于沙漠的风暴之眼，委托拇指联盟寻找。三人踏上了寻找乐乐的旅途，并在葵贝贝和仙贝贝的带领下，找到了乐乐。为了走出沙漠的迷宫，拇指联盟勇闯地宫寻找宝石。与此同时，神秘人伺机而动，众人齐心协力赶走了神秘人，守护住了宝石，决定将宝石带回小镇并且探寻让宝石恢复力量的方法，镇长的儿子乐乐选择继续留在沙漠规划绿洲，让沙漠焕发生机。

柳江决战之后，拇指联盟从黑衣人身上掉落的纸片中得到了新的线索，拇指联盟决定前往太阳岛的大雪山一探究竟，在雪山的神庙中遇到了女侦探安安，在安安的帮助下前往奈县鹿园寻找传说中的三角鹿，与此同时，黑衣人洞察先机，抢先拇指联盟找到三角鹿并得到了宝石，使用宝石的力量欺骗了拇指联盟，拇指联盟为了守护正义与和平继续前行，而安安则留在太阳岛继续守护着这里的村民。

从前，海里有一只怪兽，它的头上长着角，还有着尖利的牙齿。怪兽喜欢睡觉，每次都会睡上一年，在除夕晚上才醒来并爬上岸，于是人们称之为年兽。