民国初年，上海至成都的铁路通行了。首班列车的启程引起了黑帮注意，因为上面全是富贵人家，于是他们勾结山贼准备中途劫车。专门偷鸡摸狗的程启天（洪金宝 饰）也打上了这趟列车的主意，为了能摸上列车，他决定炸毁家乡汉水镇前的一段铁路，然后乘机上车。不料程启天被当地保安队长曹卓坚（元彪 饰）认出他是通缉犯，于是想捉拿他归案。程启天侥幸躲过追捕，顺利炸毁了铁路。这正好帮了山贼一个大忙，他们开始团团围攻汉水镇。眼看家乡即将毁于山贼之手，程、曹两人决定联合起来共抗强敌。

1959年夏天，庐山会议上对彭德怀的错误批判，使他忍受着被冤屈的巨大痛苦过了六年。1965年他不计较个人得失，仍接受毛泽东和党中央委派，到成都去任三线建设副总指挥；当时报纸上满载评新编历史剧《海瑞罢官》的文章，矛头直指彭德怀。他强压愤怒，立即投身到三线建设的调查研究之中：他下矿井，钻煤窑，赴工地，到农村，千里跋涉，不辞辛苦；他心系党和国家命运的同时，还关心着普通工人、农民的生活和疾苦。

大学毕业的王有志（郭政池 饰）不顾家里的反对，毅然回到乡村当起了村官。王有志到村子后带领村民逐渐走向致富道路，在这个过程中，支教老师韩艾琳逐渐爱上了他。艾琳向王有志青梅竹马的秀秀（张汝蕾 饰）发起了挑战，在挑战中一场突如其来的大雨打乱了原有的计划：王有志生病了，并向李小宝借了大笔的钱。秀秀决定嫁给李小宝，条件是他不能找王有志要钱。不知情的王有志非常的伤心，下定决心好好努力把钱还给了李小宝，艾琳看着王有志把真相告诉了他，于是他俩步入了婚姻殿堂，走向幸福。

《难兄烂弟》通过幽默诙谐的故事展示了当今社会的善恶与美丑，通过兄弟二人的经历，充分表现了血浓于水的兄弟情。通过弟弟和九妹的爱情，反映了当代都市中小人物的独特情感与坎坷经历，并通过他们展现都市中的打工族和大学生奋斗的艰辛。

举报别人易，举报自己难。影片讲述的是一个让上司拉下水的受贿者，在政策的高压及良知的召唤下，几经挣扎，进行自我举报，最终完成了自我救赎的过程。