《特种兵归来4替身疑云》延续了前几部的故事背景，讲述藤国犯罪集团卷土重来，派出绰号为修罗的组织元老启动“重生”计划，犯下抢劫国宝、政治刺杀等重大案件。在阴谋下，龙卫小队蒙受莫须有的罪名，为洗白冤屈联合雅塔、猴子发起反击。几人在经过缜密的计划后，层层攻破敌人关卡，使得真相逐渐浮出水面。最终龙卫等人找到了修罗的老巢——末日迷宫。并与敌人展开殊死较量……

天浩从部队放假探望妹妹天芯，却得知妹妹出了意外。天浩只身打入犯罪团伙，暗寻线索，屡陷危机，终于救出了妹妹，同时将拐卖妇女儿童团伙一网打尽...

一位著名的伊朗女演员收到了一段令人不安的视频。影像中，一个年轻女孩请求她的帮助，以逃离保守家庭的支配……女演员向好友兼导演Jafar Panah求助，以确定这是否是一次恶作剧。两人一同动身前往西北部与世隔绝的山区，去寻找年轻女孩所在的村庄。在这里，古老的传统依然主宰着当地人的每日生活。

吴迪（小沈阳 饰）以修鞋为生，最大乐趣就是看武侠漫画《飞剑》。某日，他遇到了修鞋女子月露（林熙蕾 饰），后者是皇上（陈志朋 饰）的表妹，因不愿做皇后，逃之夭夭。皇上派遣大内高手杨过（曾志伟 饰）追杀。吴迪盲打误撞杀了淫贼田扒光，救了月露。为了把鞋还给月露，吴迪前往泰山。途中，吴迪遭遇河盗独孤鸿（赵本山 饰）及其弟子（程野 饰），在世外高人的暗中帮助下，他击退了独孤鸿。老人临别时输给他深厚内力，赠给他一本《九阴真经》，由于他只看图，随手丢在一边。田扒光的神农教同门姐妹粉凤凰和红凤凰找他算账，结果他毫发无损，对方损兵折将。逃避追杀时，他掉进了万丈深渊，却遇到了世外高人的敌人（吴宗宪 饰），好在有惊无险。不过，最终吴迪还是住进了神农教主（恬妞 饰）开的黑店，并遇到了心上人月露……

中国自行研发航母的消息引起世界关注，国外间谍组织伺机进行破坏，代号“沉没行动”。省安全厅副厅长成立专案组接管此案进行调查，随着案情的深入，专案组找到了间谍周琦，并说服她为我方提供情报。行动屡次失败使间谍组织头目彼得森看穿周琦双面间谍身份，周琦被追杀，弥留之际给出了一张彼得森与教授廖青云的合影。廖青云受间谍组织要挟将电磁炸弹放入航母工程的研讨会场，就在引爆器即将被按下的瞬间，专案组及时赶到阻止了惨剧的发生……