一场大规模的恐怖袭击，一个牵扯无数内幕的神秘组织，这个关乎整个东京的可怕计划即将拉开帷幕…首脑云集的东京峰会举办在即，会场突然发生超大规模的爆炸事件，不仅在现场发现行踪诡异的安室透，毛利小五郎更是惨遭陷害。面对最危险任务，最烧脑的推理，最艰难的博弈，柯南能否在迷雾中寻找到唯一的真相。

影片剧情继续围绕失忆后的时矢展开。某日，时矢和佐相路过人气小说家的签售会，而小说家嵯峨恰巧是时矢大学时代的恋人。与此同时，某经济评论家被发现死亡。但奇怪的是，在尸体的口中发现了一张纸，纸上写有 “第一凶手是河上彦斋 ”的字样。河上彦斋是江户末期在京都进行刺杀活动的四名武士组成的 “幕末四大刽子手”之一。几天后，类似的案件再次发生，死者口中仍然发现了手写纸条。调查案件之时，时矢的脑海中经常出现自己身为侦探的画面，而在死者口中发现的纸条，也被证实字迹与时矢完全一致。更加匪夷所思的是，连环杀人案的一切居然与时矢大学时所写的侦探小说一模一样，时矢在查案的同时也开始寻找自己丢失的记忆。

年轻的医生保本到一家小川医院实习，他一开始对医院的一切极不适应，贫穷的患者，有迫害狂的漂亮女人，垂死的胃癌病人，肠子流出肚子的伤者，他对院长红胡子尤其反感，并对他的医疗手法不屑一顾，整天消极怠工，但当他被迫害狂威胁时，却是红胡子救了他的命，从此保本开始改变自己的看法，与红胡子一起悉心经营医...

拥有精湛厨艺的意大利料理师傅田中武和美食杂志的编辑佐藤瑠璃是一对自幼青梅竹马的好朋友，虽然彼此心仪良久，倔强的二人却始终未将心事挑明。在瑠璃的订婚之夜，小武飞奔前去表白心迹，却被从房顶掉落下来的钢琴家槙原佑树砸中。小武在此事故中丧生，而佑树则于一个月后苏醒。可是，似乎小武的灵魂进入了佑树的体内，他不断回忆起和瑠璃在一起的点点滴滴，并最终回到曾经用心经营的餐厅纳波利为人们做出无数的美食。与此同时，他以佑树的身份，重拾了身为钢琴家的自信。一切看似美好，一切又虚无缥缈…

影片讲述了身处当下社会的几个年轻人因为各种因素，参加了日本一档真人秀节目“寻找沙漠幽灵 中国西部第一灵异鬼屋《七号公馆》，围绕这亲情、友情、爱情、以及自己所寻求的真理，展开的诡异神秘之旅。