1938年武汉失守，杨冠雨受国民政府委派，带着助手谢霖来到大后方玉城筹建伤兵医院，没想到玉城名医项鸿年在家中被人暗杀，由他掌管的伤兵医院巨额筹建款不翼而飞……抗日英雄副县长杜松山着手调查此案，耿直的杜松山与杨龃龉不断，却被杨发现颈椎中的残留弹片而急需手术……杜成了杨到玉城以后的第一个病人。杨冠雨与何雪珍邂逅，一见钟情，却不知何雪珍与杜松山早有婚约……

《以医生的名义》讲述了一家医院心胸外科医生司马博铭、海归主治医生韩子航以及几位性格各异的实习医生的医疗与人生经历。该剧由曾经执导过《人生几度秋凉》、《人虫》、《宽恕》等热播剧的导演陈燕民担纲执导。王志文、霍建华、李成儒、张铁林、颜丙燕、张浩天、刘思言等明星主演。其中，王志文在剧中出演该医院最出色的外科主治医师司马博铭，霍建华则饰演刚刚从海外学成归来的外科医生韩子航。

根据苏童同名小说改编。 几乎一夜之间，小城里的妓院都被解放军封了门。喜红楼里，女干部柳青率一队解放军，把妓女们收容在一起送往劳动营接受改造。一只船载着这群青楼女子，永远离开了红粉之地。当晚，秋仪拉小萼从劳动营逃走。秋仪跳墙走了，小萼没有敢跳，依然留在劳动营里。秋仪躲到旧情人老浦家。老浦母亲浦太太埋怨儿子带回个青楼女子，丢人现眼，老浦很为难。老浦代秋仪送东西给小萼，他来到劳动营，回家把劳动营的情况告诉秋仪，认为劳动营挺不错。秋仪说老浦要送自己去劳动营。老家土改，分了浦家的土地，浦太太乘机赶秋仪走。秋仪指望老浦会护着她，不料老浦也要给她换地方住。秋仪一气之下出家当了尼姑。老浦家的房子捐给国家，老浦也结束了少爷生活，到工厂当了会计。老浦去看小萼，觉得她瘦小得令人怜爱。小萼从劳动营出来后，进了工厂，不久就嫁给了老浦。新婚之夜，秋仪不合时宜地为他们送来一把伞，便飘然而去。秋仪怀了老浦的孩子，但却在庵门外流产。小萼也怀了孩子，但她在婚后积习不改，打麻将、乱花钱。生下孩子后，她越发对已成为普通职员，收入颇低的老浦不满。老浦被逼得没法，以贪污的公款供小萼挥霍。不久，老浦被逮捕以贪污罪被处决。秋仪来到老浦家，两个女人言归于好。小萼守了一年寡，再也熬不下去了，她把孩子托给秋仪，跟一个北方人走了，从此没有音讯。秋仪心满意足地当起了孩子的母亲。

谢雨婷（吕丽萍 饰）这天为了领取居委会模范夫妻的奖品，在家翻箱倒柜地寻找结婚证却没找到，被同事取笑说自己是非法同居。倔气上来的雨婷倒不罢休了，在家掀开战场，让老公顾明（冯巩 饰）和自己一起找，把老顾也折腾得够呛。女儿小文（李小萌 饰）是个懂事聪明的孩子，为了让父母休战，和同学们凑钱去造了个假症，谁知掀起更大的风波，因为结婚证早已改头换面了。 害怕一回家就被老婆折腾的顾明是精神病院的医生，最近温柔体贴的助手小安对自己关心照顾，让顾明动了心。精神病院的病人逃了出来，跑到了顾明家，谢雨婷在中间好心办了坏事，两口子吵得更凶了。再也忍受不了的小文离家出走，顾明两夫妇才明白这段时间对小文的疏忽以及因为一张结婚证而引发的闹剧伤害了孩子。雨下得越来越大，小文到底去了哪儿呢？

日本特警真田在机场遇上杨子及当护航员的米高，还有被押解返港受审之犯人李仲青，一男子王洪欲劫机救李仲青，混乱中真田及杨子枪杀了王洪及李仲青。及后，真田之妻子及女儿因劫机事件的报复行动被杀，真田终以杨子当作鱼饵引出杀手林志威并将他解决。王洪、李仲青及三同党相继死去，事件似已告一段落，但米高却被杀害。