19世纪末沉入新加坡近海，全球最大的蓝宝石“绀青之拳”，被当地的富豪看中想要回收，当他出现的时候，却发生了杀人案。现场留下了怪盗基德的血色预告书。另一方面，为了观赏在新加坡举行的空手道比赛，小兰和园子一起来到了新加坡。而没有护照的柯南只能留在日本，不过却被基德用魔术的方法强制带去了新加坡。如果不听话就回不去日本，于是柯南只能被剥夺了眼镜、手表、衣服等等进行变装，当被没认出他来的小兰问到名字时，自称“亚瑟·西莱斯”。基德获悉了沉睡于某宅邸地下金库的绀青之拳的情报，轻松地成功潜入，却发现400战全胜的最强空手道家京极真站在了面前。新加坡的象征滨海湾金沙酒店沾染了鲜血，基德的命运是……在那之后，就如预兆着什么不祥之物一般，从新加坡的象征——鱼尾狮中放出了被染为鲜红的水。

本次的全新作品是纪念TV版动画播放20周年特别篇。剧中，听从黑衣组织命令研发出Apoptoxin4869的灰原哀等人将重新登场，而尚未和柯南相遇的少年侦探团、阿笠博士以及柯南尚未寄居到小兰家时的毛利小五郎也将会悉数亮相。

舞台：大阪&京都，正在录制"皐月杯"百人一首记者会的大阪地标·日卖电视台突然发生爆炸，千钧一发之际，急忙赶来的柯南救出了被困在崩塌大楼中的平次与和叶，而另一侧，"皐月杯"冠军在京都屋内遭人杀害，监控器里所显示出的是——红叶...原作中的重要角色，百人一首高中生冠军，自称"平次未婚妻"的大冈红叶，将首次在剧场版中登场，新一和小兰的关系也将发生变化....

舞台：大阪&京都，正在录制“皐月杯”百人一首记者会的大阪地标·日卖电视台突然发生爆炸，千钧一发之际，急忙赶来的柯南救出了被困在崩塌大楼中的平次与和叶，而另一侧，"皐月杯"冠军在京都屋内遭人杀害，监控器里所显示出的是——红叶...原作中的重要角色，百人一首高中生冠军，自称“平次未婚妻”的大冈红叶，将首次在剧场版中登场，新一和小兰的关系也将发生变化....

某个漆黑之夜，日本警察内部遭间谍侵入。英国的MI6（英国陆军情报六局，即军情六处）、德国的BDN、美国的CIA（美国中央情报局）等各国情报机关，甚至FBI（美国联邦调查局）的机密数据都被窃取。千钧一发之际，安室透率领公安警察（公安调查厅）及时赶到。间谍夺车而逃。安室与其在高速公路上进行了激烈追逐，就在其它车辆也将被牵连其中而酿成惨案的瞬间，间谍的车被FBI赤井秀一的来福枪子弹击中，从公路上坠下。第二天，柯南一行人到东都水族馆游玩。刚刚翻新的水族馆盛况空前。在其特色卖点巨大摩天轮之下，柯南发现了一名独自站在那里的外表端庄秀丽的受伤女子。定睛一看，她左右眼虹膜的颜色是不同的，即俗称的“Odd Eye”。可是，女子已是连自己的名字也不记得的失忆状态，所带的手机也已损坏。柯南等人商定帮助她找回记忆，就这样与她一同行动。而这被贝尔摩德在暗中从头至尾监视着。随后贝尔摩德拿出了消音器，对着身上的通信器说道——“我也有这个打算哦，琴酒。”