一个秘密组织的成员犯罪战士和他疏远的妹妹盗取了暴徒和一个疯狂的科学家的研究成果，于是危险的追杀开始了。

影片讲述了一个拥有超凡能力，代号为626的特工故事。626一心想找寻自己的过去，了解自己的身世，可是天不遂人愿，自己的超能力招致了无妄的事端。特工频繁遭到武装力量的袭击。所幸的是特工后来拥有了自己的战友，凭借超凡的能力和信念626特工终于找到了一切阴谋的幕后黑手。揭开真相的时候终于来临了。

未来世界陷入外星人入侵的恐慌中，军事演说家凯奇中校（汤姆·克鲁斯 Tom Cruise 饰）畏惧上战场，他从没想过将军（布莱丹·格里森 Brendan Gleeson 饰）会让他去指挥即将开始的“诺曼底战役”，拒绝接受命令之后将军居然恶整了他，那就是把他当做逃兵扔进了军营中。凯奇被归入了J小队中进行战斗，战役的第一天就惨死在战场，没想到这一死让他拥有了时空循环的能力，而唯一相信他的人就是被称为“全金属战士”的丽塔·沃拉塔斯基（艾米莉·布朗特 Emily Blunt 饰）。二人开始了时空循环作战，在训练凯奇的同时他们发现了控制时间的奥秘，这与外星人“主脑”欧米茄有关，但是唯一能取得胜利的方法就是让凯奇不断死去、不断重启时间。在不断重复登陆那天的战斗的同时，凯奇越来越不想失去丽塔……

鉴于台前幕后的全盘大洗牌，《神奇绿巨人》掀起的自然是那个漫画史上最受欢迎的超级英雄的一次全新的历险故事，除了一如既往的惊天动地的爆炸场面和让人眼花缭乱的动作格斗，影片与2003年的《绿巨人浩克》并不具备什么必然的联系。 作为一个全新的开始，因受到辐射而基因变异的科学家布鲁斯·班纳，仍然在想尽办法寻找能够治愈他那被毒害了的细胞的方法，布鲁斯愤怒的时候，放肆的暴力倾向会让他的身体机能迅速蠕动，变成一个力大无穷、像小山一样高的绿色巨人，可是他不想这样，即使他能够得到神奇的超能力，却宁可过回普通的平淡生活。 为了躲避美国军方的追捕，布鲁斯只好把自己藏在隐蔽的地方，与以前的生活、包括他心爱的女人

故事中每个人都被手机所控制，开始恶意攻击任何靠近他们的人，而这些“手机僵尸”并未死去，而是可以互相通信结成团伙…