杰西（乔什·哈切森 Josh Hutcherson 饰）是个过得不怎么快乐的孩子。他在学校里受同学欺负，在家中又无法得到父母的宠爱。只有两个人能为他的童年带来亮光——一个是音乐老师，另一个便是刚转校来到班上的莱斯利（安娜索菲亚·罗伯 Annasophia Robb 饰）。 莱斯利以她独特的方式感染了生活暗淡的杰西，慢慢打开了他的生活的另一扇窗。在河的另一边，他们要建造一个叫做“特雷比西亚”的王国，他们在树上打造一个屋子，王国的成员有妖怪、马蜂军团、松鼠和秃鹰。这个幻想的天地创造了他们每天放学后最好的时光。 然而，童话毕竟太虚幻，杰西和莱斯利的特雷比西亚世界，迎来了风雨飘摇的一天……

一个秘密组织的成员犯罪战士和他疏远的妹妹盗取了暴徒和一个疯狂的科学家的研究成果，于是危险的追杀开始了。

影片讲述了一个拥有超凡能力，代号为626的特工故事。626一心想找寻自己的过去，了解自己的身世，可是天不遂人愿，自己的超能力招致了无妄的事端。特工频繁遭到武装力量的袭击。所幸的是特工后来拥有了自己的战友，凭借超凡的能力和信念626特工终于找到了一切阴谋的幕后黑手。揭开真相的时候终于来临了。

鉴于台前幕后的全盘大洗牌，《神奇绿巨人》掀起的自然是那个漫画史上最受欢迎的超级英雄的一次全新的历险故事，除了一如既往的惊天动地的爆炸场面和让人眼花缭乱的动作格斗，影片与2003年的《绿巨人浩克》并不具备什么必然的联系。 作为一个全新的开始，因受到辐射而基因变异的科学家布鲁斯·班纳，仍然在想尽办法寻找能够治愈他那被毒害了的细胞的方法，布鲁斯愤怒的时候，放肆的暴力倾向会让他的身体机能迅速蠕动，变成一个力大无穷、像小山一样高的绿色巨人，可是他不想这样，即使他能够得到神奇的超能力，却宁可过回普通的平淡生活。 为了躲避美国军方的追捕，布鲁斯只好把自己藏在隐蔽的地方，与以前的生活、包括他心爱的女人

某个纪录片摄制组正在调查一个系列残酷的杀戮，被人们称为“黑色水谋杀”。当他们深入了解这个故事后，他们偶然发现一个可怕的秘密。而这一切都没有人想到他们会陷入什么危机，不知道他们将不可能生还。