故事发生在21世纪的凤天市，讲述主人公安小武、元飞飞、白羽、周豪、金昊、陈默等人的战卡机因意外导入R程式程序而被激活，由此开始了风靡全国的关卡战馆比赛。在越来越激烈的战馆通关过程中，反派BOSS黑战神的野心逐渐浮出水面，小武等人通过智慧、团队合作、勇气、自信，一步步克服困难，最终战胜了黑战神，守护了战卡世界和大家的梦想。

超级飞侠第五季整体的基调充满活力与正能量。在延续前四季故事模式优点的同时，第五季还增添了以小爱、多多、米莉、包警长、小青为主的五个飞侠团队的新元素。