- 莉娜(娜塔莉·波特曼 Natalie Portman 饰)是一名生物学家,一年前,她的丈夫凯恩(奥斯卡·伊萨克 Oscar Isaac 饰)在参加一项秘密任务后神秘失踪,这一年间,莉娜一直生活在悲伤之中。某天,失忆的凯恩忽然出现在了莉娜的面前,之后晕倒被送入了医院。在那里,莉娜遇见了文崔斯博士(詹妮弗·杰森·李 Jennifer Jason Leigh 饰)。 博士告诉莉娜,凯恩被派往了一块被“闪光”笼罩的未知区域,三年间,无数的队伍被派往区域内进行勘探,只有凯恩一人活着回来了。不仅如此,“闪光”正在不断的扩大。为了查明事情的真相,莉娜自愿加入了下一批被派遣的队伍之中,和她一同前往的,除了文崔斯博士外,还有安雅(吉娜·罗德里格兹 Gina Rodriguez 饰)和乔茜(泰莎·汤普森 Tessa Thompson 饰)。
- 卡勒姆·林奇(迈克尔·法斯宾德 饰)在死刑即将执行之前清醒过来,发现他被索菲娅(玛丽昂·歌迪亚 饰)选中,来参加一个能让人类摆脱暴力冲动的计划。虚拟现实机器Animus能让用户体验祖先的记忆,被绑在机器上之后,卡勒姆·林奇意识到他是生活在西班牙宗教法庭时期一位刺客阿圭拉的后裔,他们寻找的是可以控制自由意志的伊甸园苹果。索菲娅在父亲艾伦(杰瑞米·艾恩斯 饰)施加的压力下不情愿地操纵着卡勒姆·林奇回到过去寻找伊甸园苹果在现代世界的下落,威胁着他身体和心理的健康。但在杀手同行穆萨(迈克尔·威廉姆斯 饰)暗示了卡勒姆·林奇,提醒他艾伦有可能动机不纯之后,卡勒姆·林奇开始重新考虑他的行为和动机,而人类自由意志的命运也变得悬而未决……