"随着伊丽莎白警长和埃琳娜的离开，每个人都捡起来自己的生活。神秘瀑布镇的人们不会过多地关注像童话里那样沉睡的埃琳娜，因为莉莉和被困在那个荒无人烟的世界100多年的异教徒们已经决定将神秘瀑布镇作为他们的新家，同时他们也学着融入现实世界。可是异教徒们根本不喜欢受约束，并且非常饥饿，他们会把神秘瀑布镇当做是他们的“游乐场”。达蒙失去了埃琳娜等于失去了生活的方向和意义，他与同样失去爱人的阿拉里克一起沉积在痛苦中，邦妮为了帮助他们走出痛苦，陪同他们去了欧洲旅行散心。马特考取了神秘瀑布镇的警徽接替了伊丽莎白警长的位置，并且疏散了神秘瀑布镇上的居民 。异教徒们不仅占领了小镇还霸占了塞尔瓦托兄弟的大房子。斯特凡和卡洛琳想阻止悲剧的发生，却也深陷其中。达蒙和邦妮合作杀了一个异教徒成员马尔科姆因此激怒了莉莉。恩佐在两方对立的情况下选择站在莉莉一边并且绑架了卡洛琳。斯特凡被异教徒们赶出了神秘瀑布镇。莉莉的两个异教徒女儿玛丽和诺拉特别享受折磨卡洛琳，还透露给卡洛琳了一个关于斯特凡初恋女友的秘密。原来在1863年斯特凡交的初恋女友就是现在异教徒中的一位成员瓦莱丽"

第二季中，他们将找到一个不太可能的盟友来摧毁里顿豪斯，这是一个有计划改变历史和重塑现实的致命组织。尽管露西的家人在几个世纪以来一直是里顿豪斯的一部分。他们仍然尽一切努力不影响过去，他们将访问1692年，1917年，1941年，1981年以及更多具有里程碑意义的年份。进一步接触玛丽•居里、赫迪•拉马尔、威廉•伦道夫•赫斯特等其他许多历史上有影响力的人。故事开始于，逃离梅森工业爆炸后，怀亚特和卢弗斯将母舰带回一战期间的法国战场，设法从里顿豪斯救出露西。露西招募了著名的法国科学家玛丽•居里，帮助挽救一名受伤的美国士兵的生命，却意外得知这名士兵便是露西的曾祖父，里顿豪斯的领袖。20世纪50年代，时空小组在追赶里顿豪斯时，将与第一位非裔美国纳斯卡车赛车手温德尔•斯科特合作。1941年，当里顿豪斯的特工偷走了《公民凯恩》的唯一副本时，时空小组将与电影明星、发明wifi的科学奇才赫迪•拉马尔联手取回它。

2016年，梅森集团秘密集结了一支科研团队，研制出两台时间机器。然而在不久后的一天夜里，一群恐怖分子闯入了研究基地，挟持团队核心人物安东尼·布吕尔，并驾驶被称为“母船”的时间机器回到了过去。梅森集团遇袭事件惊动了美国国土安全部，政府方面立刻着手干预此事，袭击者的真实身份很快便被查明：为首的恐怖分子名叫加西亚·弗林，是前美国国家安全局特工，因家人在不明原因的事故中丧生而被认为有严重的心理障碍。他的目的明显是要驾驶时间机器回到过去，破坏美国的历史，并以此来报复社会。在美国国土安全部的协助下，梅森集团集结起了一支三人小分队，准备驾驶另一台被称为“救生艇”的小型时间机器返回过去，阻止弗林的举动，他们包括：历史学教授露西·普雷斯顿，她将为小队提供历史学方面的建议；三角洲特种部队军官怀亚特·洛根，负责团队安全和抓捕工作；以及科学家卢夫斯·卡林，梅森集团仅存的一位时间机器驾驶员。梅森集团追踪“母船”的中央处理器信号，发现弗林返回了1937年5月6日——兴登堡号空难发生的日子。