这是一个没有人会忘记的传奇，大家都以为库巴大王已经离开了蘑菇王国，而库巴的死亡之船却突袭而来。库巴大王卷土重来了，带来了有史以来的最大威胁，那就是他的库巴小子。超级马里奥兄弟利用新的超能力，救走了碧奇公主，并击退了邪恶的库巴家族。

打败邪恶库巴军团后的马里奥抽空与他的兄弟路易，以及碧奇公主一同来到拥有众多恐龙存在的耀西岛上度假，但在度假过程中，马里奥发现碧奇公主突然失踪。之后通过一名叫做耀西的恐龙得知，库巴再次率领他的军团卷土重来，除了绑走碧奇公主外，还将它的恐龙朋友都抓走。为了击败库巴，马里奥与路易及耀西一同在耀西岛上进行了大历险……