故事叙说少尉军官于守业在解放前夕，被国民党特工科任命为潜伏在陆城的特务少将专员、特别行动组组长，代号037，他在陆城的公开身份是小学教师。在陆城刚解放那时，兵荒马乱的，他并没有接收到有关特殊任务的指示，仿佛被中统局给遗忘了，除了那份白纸黑字、大红印章的委任状外，没有任何与中统局有关系的证据。一天夜里。一个信封从门缝里塞进来，故事由此展开···

1945年，游学归来的刑侦专家程慈航，在码头遭遇险情，多方势力为争夺一只铁箱大开杀戒。这只铁箱里，存放着日军细菌武器的绝密档案。警察厅厅长莫采石将铁箱存放在档案馆密室内。由于内奸刘阿常的出卖，档案被盗，案情从此扑朔迷离。程慈航获悉此案事关日军细菌武器，向“叔叔”莫采石请战，总署刑侦警察局局长霍然随即特聘程慈航为布衣侦探。。。

该剧首次揭秘解放初期中共在台隐蔽战线上敌我双方特情人员展开激烈交锋的传奇故事。讲述重庆解放前夕，敌人计划实施破坏重庆的“天下一号”计划。潜伏在国民党保密局重庆站的中共地下党员、代号“蜂王”的秦天亮，为获取情报身份被怀疑，保密局将其妻、儿作为人质送往小岛以控制他。秦天亮接受组织命令破获“天下一号”重要情报，并揪出我军中的内鬼、代

王长林所在的侦察大队和萨文泊带领的国民党起义海军被整编在一起，成立了红鲨突击队，主要任务是配合解放军主力部队夺取华南沿海诸岛屿。战斗中，他们伪装成国民党海军，巧妙集结船只，有力支援了广东战役。并先后在金灶岛上攻占了敌用机场；在南澳岛上破坏了敌人的作战探照灯；在东古岛战斗至弹尽粮绝；在螺丝岛将一艘巨轮沉没堵塞航道，阻止了敌人舰队出港；在石坎镇与海盗斗智斗勇，与特务上演锄奸大戏；在星洲岛谍战潜伏，策反军事专家；在木鱼岛从敌人的火烧攻势下拯救了大批渔民；在海南岛遭遇了大雾、风浪以及敌人的围追堵截，成功完成为琼崖纵队护送电台的任务；在最后的万山群岛战役中，为夺取敌占油库，武工队虽付出了惨重代价，但最终取得了胜利。

　　赴职的李安在碧波湖畔被余县贪官授意的恶霸杀害，红鱼未能及时搭救，只能将他藏在碧波洞里，而自己为寻找真凶扮作李安为官，凭借智慧连破奸人诡计，震慑奸佞。后来，红鱼因为无法面对李安的母亲和满腔痴情的赵秀，毅然舍弃三片金鳞，救活李安。复活后的李安雷厉风行，有红鱼相助，如虎添翼，二人联手为查明要案和余县的贪官、恶霸、土匪连番斗智斗勇，并最终除暴安良，保一方平安。