故事发生在主人公藤岛鸣海十六岁那年冬天，他与同班同学彩夏卷入了怪异事件，帮助他们解开谜团的是尼特族的统御者、非普通的的尼特族侦探爱莉丝。后来得知这位自称尼特侦探的紫苑寺有子（爱丽丝）是家里蹲，在“NEET侦探事务所”里且总穿着睡衣。主人公、紫苑寺有子（爱丽丝）、尼特族及尼特族侦探团为解开谜团而出动了……

生活在诹访原市的及其普通的学生藤井莲，和亲友游佐司狼互殴决斗后，绝交。其后仍然与青梅竹马绫濑香纯和学姐冰室玲爱一起过着学园生活。但他所居住的诹访原市开始出现无差别断头杀人事件。并且奇怪的是，莲这时开始做起自己在断头台上被斩首的噩梦。而这对他来说，只是充满恐惧和痛苦的战争的前兆。日常生活被颠覆。暗处超常人群在暗暗行动。城市成为战场，超乎寻常的事情向莲袭来。面对不战斗就无法生存的现实，他是否能夺回自己平凡的生活呢？

本作是一部青春爱情喜剧，故事以假装成恋人的两人——日本黑道“集英组”头目的独子一条乐，与美国黑帮“蜂巢”的当家千金桐崎千棘，还有一条乐所暗恋的女生小野寺小咲的三角关系为中心展开；随后又加入了性格各异的新角色——鸫诚士郎、橘万里花、奏仓羽。

拥有超人的绘画天分的浩树，却因故无法再次执起画笔，只能委身于某所大学，担任美术课的顾问。受男主角指导走向绘画之路的女主角艾莉丝，却因目睹双亲车祸身亡的现场，而在作画中无法使用红色。青梅竹马的女孩雾，在高中时代告白时，却遭到男主角的拒绝，现在她又重新闯入了男主角的生活。偶然的再会……三人之间，会发生什么？爱的前路，会走向哪里？

预计将会在明年2月开播的《心跳光之美少女》是《光之美少女》系列10周年的作品，在今年2月召开的动画经济论坛2012峰会中，东映动画常务取缔役大山秀德曾透露《光之美少女》是一部长达10年的企划，每年将会播出50话左右，由此看来《心跳光之美少女》或许就是这一人气子供向系列的最终作？