- 江户时代末期（本作的20年前），被称为天人（あまんと）的谜之异星人来袭。于是地球人与天人之间的战争瞬即爆发，为数众多的武士和攘夷派志士都参与与天人的战斗。幕府见识到天人强大的实力后，最终向天人低头，放弃武士不管，擅自与天人签订不平等条约，准许他们入国。
- 2000年，在被称为“第二次冲击”的大灾害中，地球上近半数的人类失去了生命，世界各地一片狼藉。15年后，人类已经重建了家园，而不明巨型生物“使徒”却又频频来袭。 14岁的少年碇真嗣应父亲之召从避难地来到第三新东京市，刚到不久，就被卷入了军队和使徒的交战之中，危急时刻，一名美女出现救了真嗣。 美女是特殊机关NERV的官员葛城美里。葛城将真嗣带到了他的父亲——NERV总司令碇元渡面前。见到久别重逢的儿子，碇元渡并无半句温存的问候，而是直接命令他立刻坐上秘密开发的巨大机器人武器EVA初号机出击击退使徒。 性格内向又胆怯的真嗣不满父亲的不近人情，不肯出击。然而，当他看到少女驾驶员绫波丽身受重伤却不得不坚持上阵时心中不忍，于是勉强坐上了EVA。 从未接受过训练的真嗣初次出击，然而他所面对的是一场生死攸关的大战。掌握着世界命运的少年将如何作战？而“第二次冲击”背后的“人类补完计划”的真相又究竟是什么？
- 动画剧场版《命运之夜—— 天之杯：恶兆之花》，是TYPE-MOON发售的文字冒险游戏《Fate/stay night》中第三条剧情线，简称“HF”或“樱线”。在故事中，圣杯是传说中可实现持有者一切愿望的宝物。7位御主（Master）和7位从者（Servant）为了得到圣杯而相互厮杀的仪式被称为圣杯战争。 「圣杯战争」发生十年后，冬木市再次迎来了战争，一股不安的氛围笼罩着全城。有人暗施诡计，让这场战争开始逐渐陷入混乱……
