卡勒姆·林奇（迈克尔·法斯宾德 饰）在死刑即将执行之前清醒过来，发现他被索菲娅（玛丽昂·歌迪亚 饰）选中，来参加一个能让人类摆脱暴力冲动的计划。虚拟现实机器Animus能让用户体验祖先的记忆，被绑在机器上之后，卡勒姆·林奇意识到他是生活在西班牙宗教法庭时期一位刺客阿圭拉的后裔，他们寻找的是可以控制自由意志的伊甸园苹果。索菲娅在父亲艾伦（杰瑞米·艾恩斯 饰）施加的压力下不情愿地操纵着卡勒姆·林奇回到过去寻找伊甸园苹果在现代世界的下落，威胁着他身体和心理的健康。但在杀手同行穆萨（迈克尔·威廉姆斯 饰）暗示了卡勒姆·林奇，提醒他艾伦有可能动机不纯之后，卡勒姆·林奇开始重新考虑他的行为和动机，而人类自由意志的命运也变得悬而未决……

就在凯特忙于筹备45周年的结婚纪念日之时，她丈夫杰夫突然接到了一条把他的思绪带回过去的消息，他50年前在瑞士阿尔卑斯山因意外丧生的女友的遗体被找到了。凯特和杰夫的内心都受到了极大的震撼却无法交流彼此深藏的不安，杰夫把自己封闭在回忆的世界里。而凯特则竭力压抑自己的嫉妒和焦虑，她还需要专心为聚会做准备，安排音乐、菜单以及其他诸如此类的东西。