《隐形同盟》的故事发生在1943年的柏林。当时纳粹宣布他们的“首都”已经清除了犹太人。而事实上，约有7000名犹太人隐藏了身份，纳粹的清洗工作仍在悄然进行。影片聚焦了4位幸存者的故事。将满17岁的Hanni Lévy失去了父母，她因为面庞长得像日耳曼人，因此染成金发以躲避追捕。Cioma Schönhau靠伪造护照拯救了很多犹太人的生命，他自己也混在柏林的上流社会，买游艇，出入高档餐厅。Eugen Friede加入了抵抗组织，偷偷在城里发放反对纳粹统治的传单。Ruth Arndt白天梦想着去美国重新开始，晚上假装成一个战争寡妇，在纳粹军官的公寓里卖黑市食品。危险慢慢逼近一个又一个同胞。Ruth利用自己得到的情报，通过Cioma的金钱和手腕，帮助抵抗组织和Hanni躲避纳粹的追捕。到1945年纳粹投降的时候，躲藏在柏林的隐形犹太人还剩1700名，其中不少被Ruth和Cioma这样的隐形英雄所救。