本剧根据徐克执导的3D武侠电影《龙门飞甲》改编，延续了龙门客栈的传奇，结合了宫闱之争的秘史，既是一场刀光剑影，尔虞我诈的乱世江湖，又是一段腥血雨，勾心斗角的深宫谍影。

西魏大统年间，奸臣当道，皇室为外戚所控制，以致于民不聊生。一直负责拱卫皇室正道的巫族被冠以谋逆之罪，遭到大肆屠杀。巫族圣巫女凤卿尘为查明真相，忍辱偷生，幸得一身正气的四王子元凌所救。朝夕相处中，卿尘获悉四王子乃是可托天下之人，为匡扶正义，卿尘不得不隐忍对元凌早已在心中种下的深情，暗中辅佐元凌。卿尘施展平生所学，大力提倡休战事、兴农耕，并化解了元凌与七王元湛之间的矛盾，促成兄弟联手扳倒朝堂奸臣，巫族也一雪污名。心怀江山社稷的元凌最终登上帝位，并锐意改革，整顿朝纲，肃清吏治，建立了大好太平盛世。

1936年，日寇紧逼华北。十年前因枪杀青岛兴安帮主薛安泰成名的九龙商会少爷韩志杰，因母亲被日舰炸死而对日仇视；他出其不意夺回被日商藤泽强占的码头，本想借码头贩毒走私的藤泽视韩志杰为眼中钉。薛安泰遗女萧岚忍辱接近韩志杰想报父仇，机缘巧合却与韩志杰相恋；九龙商会大佬曾念安因利要杀韩志杰；韩志杰的好兄弟厉辰星因萧岚也与其反目，韩志杰陷入重重杀局，九死一生，然而萧岚却舍生忘死帮他化险为夷。不料在韩志杰和萧岚新婚之时，韩家却遭藤泽灭门，并嫁祸萧岚，有情人反目成仇。七七事变爆发，韩志杰和萧岚在中共的引导下，放下恩怨，投身抗日洪流。