最近出现了一起凶徒连环杀人案，最令人恶心的是，凶徒每次作案后都将被害者的喉咙割走。FBI探员威尔（爱德华·诺顿 饰）负责此案的侦察，经过详细调查，威尔分析此人每次都是将被害者的喉咙割走吃掉，然而却没有找到任何凶徒的蛛丝马迹。威尔向患有精神病的犯罪心理学家汉尼拔（安东尼·霍普金斯 饰）求助，希望汉尼拔能刻画出凶徒的犯罪心理以助破案。 不料汉尼拔精神病发，意图伤害威尔，最后被关进了精神病监狱，此案也就不了了之。多年后，威尔又遇到了一起相同的谋杀案。虽确定了犯罪嫌疑人，但若想清楚推敲出此人的犯罪心理，以将其绳之以法，威尔只好再次找到了汉尼拔。

这天，美国纽约附近出现了一些异常现象：太平洋上的海浪速度超乎寻常地惊人、巴哈马巨大的原始森林里竟然出现了一个类似恐龙脚印的巨大痕迹、动物们都惊慌失措，仿佛一股巨大的力量正向纽约席卷而来。 原来，世界上频繁的核试验引起的核辐射导致了气候异常和最终导致岛上蜥蜴变异。现在，它正以越来越快的步伐向纽约逼近。这下，所有的人都慌了神，美国全国的所有力量都联合了起来，目的只有一个，就是在它踏入纽约前将它干掉！