将少林寺视为眼中钉的清廷利用安插在少林寺中的奸细提供的情报，调遣了各路高手火烧少林寺，处心积虑地想一举消灭少林子弟。事出突然，寺中僧人及俗家弟子仓促应战一番后十死其九。 捡得性命的方大洪（孟飞）逃向广东与李式开（戚冠军）会合，商议如何继续反清复明。而胡德帝（姜大卫）、蔡德忠（狄龙）、马超兴（傅声）等人则北上中原，千方百计查找寺中内奸，决意为死去的少林弟子报仇。——五人一度对少林功夫有所怀疑，后来才醒悟怪不得少林功夫，只怨自己学艺不精，于是潜心修炼终成正果，被后世称为“少林五祖”。

马本诚离开爱妻杜霞，非法越界到香港。他在香港新界因发现工头克扣民工工钱，痛打工头而被判入狱八年。入狱不久，杜霞来信提出离婚，又接到母亲病故的消息，他在绝望中持刀自杀，虽被救下，落下走路微跛的残疾。七年后，马本诚被释放后遣返大陆。看到熟悉的一切，却没有了杜霞，他心中怅惘，杜霞捎话说孩子一岁时已死亡，他心中难以平静，杜霞再婚后生了儿子子健，马本诚疑心子健是自己的孩子，就去探视。子健正和表弟小征在家玩耍。杜霞的哥哥杜伟发现了马本诚，找人把他痛打一顿。马本诚想到报复，他从学校带走了小征。他要以小征为人质，查出儿子的真实下落。带小征到处流浪，住破楼、捡垃圾、坐拖拉机，还不时给杜霞打电话刺激刺激，一大一小倒成了好朋友，配合默契。他俩坐在运河驳船上时。马本诚又想起自己曾有过的一条船。早晨，马本诚一觉醒来，不见了小征，急忙去找，发现小征在买早点。他们来到一处坟地，马本诚又想起自己没见过面的孩子。一辆手扶拖拉机在路轨上抛锚，马本诚冒死去拦那将来到的火车。小征也在他的身后向前跑，一不小心，跌出路基，滚下了陡坡。火车得救了，马本诚冒雨把小征送进了医院，又为小征输了400CC血。马本诚、杜霞、杜伟在医院见面了，三人无言以对。小征转院了。杜霞向马本诚说明了真相。马本诚知道小征是自己的孩子，他感到满足。马本诚开始打点过日子，他不让杜伟把真相告诉孩子，要干出个人样儿来见孩子。临走，他到校门口去看小征。小征咛他见了火车别站着不动，他再也抑制不住，泪水顿时夺眶而出。