这是一个发生在19世纪（维多利亚时代）英格兰的浪漫幻想故事。主角莉迪雅是位可以看见妖精并与他们沟通的妖精博士，她的朋友是一只有点任性的妖精猫尼可。为了与父亲见面，莉迪雅搭上了开往伦敦的船，在船上遇到了自称为爱德格的男子，他宣称自己是传说中的青骑士伯爵，并委托莉迪雅协助找寻可以证明自己身份的宝剑，尽管他的形迹可疑，莉迪雅还是与他签订契约。另一方面，街头巷尾流传着一件极为凶恶的强盗事件，犯人的特征与爱德格非常相似。还有对爱德格誓言忠诚，为了他就算杀人也无妨的追随者雷温……虽然爱德格浑身散发出可疑怪异，但相反的他的举止却带着真正的贵族气质，老好人的莉迪雅也不由自主地相信了他的话。所以尽管和诱拐没什么差别，莉迪雅却仍然接受了爱德格的邀请，导致自己卷入了围绕宝剑引起的纷争中去。

　　《新世纪福音战士》：故事可说是融合了相当高度的宗教联想。西历2000年，巨型陨石坠落南极，引致天灾四起，世界人口因此锐减一半，称为“第二次撞击”(Second Impact)。事隔十五年，人类正值复兴之时，一种来历不明的巨大战斗生命体——使徒(Angels)再度出现，不断向人类重镇第三新东京市进袭。人类迎击使徒的唯一希望，就是特务机关NERV开发的人型决战兵器“福音战士”(EVANGELION)，但能够胜任驾驶员的人选，就只有几个年仅十四岁的少年男女，他们用精神控制机器。在不断的战斗中，既有肉体上的伤痛，更有精神上的巨大折磨：个人与他人的关系，父与子、母与女的冲突，成长与逃避……在战斗中，第二次撞击的真相也不断显现——那并不是天灾，而是由人类引起的灾难。消灭最后一个使徒后，NERV的后台机关“人类补完委员会”(SEELE)为完成人类补完计划，消灭了NERV与EVANGELION，并引发第三次撞击。只有碇真嗣与明日香存活下来——只要有生命，地球就会复原…… 　　未来是什么，时空是什么？远古的回忆，是一种现实还是一种梦幻？人的来源在哪里？归宿又在何方？分离……不安……心的犹豫，不完整的东西……

战舰上尘封在初号机里14年的真嗣终于苏醒过来，与美里、律子、明日香还有东治的妹妹再会。众人口中，真嗣得知自己已沉睡14年，但他发现明日香却一点也没有变化。与此同时，战舰受到EVA的袭击，陆地上，明日香找到真嗣的控制舱，舱内的真嗣再度进入自闭状态，明日香只好拽着真嗣走。此时丽也出现，于是三人一起走向远方。

2000年，在被称为“第二次冲击”的大灾害中，地球上近半数的人类失去了生命，世界各地一片狼藉。15年后，人类已经重建了家园，而不明巨型生物“使徒”却又频频来袭。　　14岁的少年碇真嗣应父亲之召从避难地来到第三新东京市，刚到不久，就被卷入了军队和使徒的交战之中，危急时刻，一名美女出现救了真嗣。　　美女是特殊机关NERV的官员葛城美里。葛城将真嗣带到了他的父亲——NERV总司令碇元渡面前。见到久别重逢的儿子，碇元渡并无半句温存的问候，而是直接命令他立刻坐上秘密开发的巨大机器人武器EVA初号机出击击退使徒。　　性格内向又胆怯的真嗣不满父亲的不近人情，不肯出击。然而，当他看到少女驾驶员绫波丽身受重伤却不得不坚持上阵时心中不忍，于是勉强坐上了EVA。　　从未接受过训练的真嗣初次出击，然而他所面对的是一场生死攸关的大战。掌握着世界命运的少年将如何作战？而“第二次冲击”背后的“人类补完计划”的真相又究竟是什么？

《福音战士新剧场版:破》描述的是在近未来，14岁的少年碇真嗣驾驶泛用人形决战兵器EVA与神秘的入侵者使徒作战的故事。作为新世纪福音战士新剧场版的第二集，本片延续了前作《福音战士新剧场版:序》的剧情。但与第一集不同，《破》的剧情与95年TV版剧情相比有较大变化。眼镜娘的神秘出场，傲娇女的华丽来袭，三人性格的微妙变化，都已成为曾关注1995年TV版作品的EVA爱好者们的大热话题。本剧场版又名:EVANGELION:2.0 YOU CAN (NOT) ADVANCE.新神棍计划2.0，请别错过。