有一天，主人公黑羽快斗得知8年前失踪的父亲——黑羽盗一就是怪盗基德，父亲的失踪与一个神秘组织有关。为了揭开父亲的死因，黑羽快斗决定继承父亲怪盗的职业和名字，成为了第二代怪盗基德，不顾生命危险，想引出杀害父亲的凶手。

江户时代末期（本作的20年前），被称为天人（あまんと）的谜之异星人来袭。于是地球人与天人之间的战争瞬即爆发，为数众多的武士和攘夷派志士都参与与天人的战斗。幕府见识到天人强大的实力后，最终向天人低头，放弃武士不管，擅自与天人签订不平等条约，准许他们入国。

从小就能看见妖怪的少年·夏目贵志，继承了祖母玲子的遗产“友人帐”，与自称保镖的猫咪老师一起，开始将名字返还给被束缚在友人帐中的妖怪。通过与妖怪及与之相关的人们接触，开始摸索自己前进之路的夏目，在与心灵相通的朋友们帮助下，设法守护自己重要的每一天。

从小便能看见妖怪的少年夏目贵志，自从他从祖母玲子那里继承了与妖怪成为主从、并将其名字书写在上的契约书“友人帐”以来，便与自称为保镖的妖怪猫咪老师一同，开始了将名字返还给妖怪的每一天。夏目与各种各样的妖怪与善良人们相遇，在构筑温暖的场所同时，也反复寄托着想要守护重要之物的想法。

四大公爵家贝薩流士家下一任当家奥茲?贝薩流士，在15岁的成人的仪式中因他的存在为罪名，把他推进阿嵬茨这个黑暗监狱中。奧茲在阿嵬茨中与称为染血黑兔的 “艾莉丝”相遇，并与她订立契约，成功逃出阿嵬茨。回到现实世界的奥兹发现这是10年后的未来世界，艾莉丝为了追寻失去的记忆，而奥兹则是为了寻找出自己的罪名，两人一同加入了潘朵拉组织，故事也就此正式展开……