- 故事发生在与伯利亚银河帝国的战斗结束一年后，塞罗奥特曼在本作中与红莲火焰、镜子骑士、詹伯特阻止天体的运转，并结识了新的伙伴詹奈，他们一起踏上了新的战斗旅程。
- ZAP SPACY收到了求救信号，雷等人迅速驾驶盘龙号前往，但却被吸进扭曲空间。在扭曲空间的一颗惑星上，雷遇见了其他次元中的自己。这里出现了一头机械哥莫拉。原来在这个星球上，莎乐美星人进行秘密试验，令所有次元的联系都集结在一起。雷召唤哥莫拉迎战机械哥莫拉不敌，正当危急之际，赛罗奥特曼出现营救。而为了计划的继续进行，莎乐美星人启动了黑暗独眼巨人赛罗。
- 赛罗奥特曼为了救盘龙号的船员，与黑暗洛普斯赛罗展开了激烈地战斗。在战斗过程中，由于赛罗一个不小心被打入了扭曲的空间里，在这个扭曲的空间里，赛罗居然遇到了奥特兄弟，只不过没想到的是，奥特兄弟居然对赛罗发动了攻击。原来这些奥特兄弟并不是真正的奥特兄弟，是一群人造的冒牌货。赛罗虽然无惧这些冒牌的奥特兄弟，但是由于对方人数较多，赛罗一时间也是陷入了苦战冒牌奥特兄弟不断对赛罗发动攻击，赛罗的体力渐渐开始不支了。就在千钧一发之际，雷欧奥特曼现身，特地赶来支援赛罗。在雷欧的帮助下，赛罗与雷欧合力击败了冒牌奥特兄弟。击败冒牌奥特兄弟，赛罗马上逃出扭曲的空间，赶回去支援盘龙号的船员们。从扭曲空间逃出来的赛罗再次与黑暗洛普斯赛罗交手。而日向船长终于查明了这件事的来龙去脉，这一切的背后都是一位叫海洛蒂亚的萨罗梅星人搞得鬼。她企图造出宇宙机器人军团，征服整个宇宙。可惜，有些东西根本不是海洛蒂亚能够掌控的。黑暗洛普斯赛罗的失控，宣布了海洛蒂亚的计划彻底失败。
- 扎塔天文先锋队在执行任务时，收到了神秘的求救信号。日向、雷等人迅速驾驶盘龙号前往救援，但却被吸进了扭曲的空间中。在扭曲空间里他们发现了一颗行星，而求救信号正是从这颗星球发出的。正当盘龙号准备降落的时候，半空中突然出现了机械哥莫拉。这头机械哥莫拉一出现就直接攻击盘龙号，盘龙号只好被迫应战。一场激烈交战后，盘龙号被击落，日向船长只好迫降飞船。当日向、雷等人从飞船出来后，前去寻找求救信号的发出地点。结果他们遇见了其他次元的自己。经过调查，众人发现原来在这个星球上，有神秘的外星人正在进行一项秘密实验，这里的空间是一个枢纽，连接着其他各个次元。后来，机械哥莫拉再次出现，雷只好召唤哥莫拉前去迎敌。正当众人陷入危急之际，赛罗奥特曼出现了。
