赛罗奥特曼是赛文奥特曼的儿子，自十年前登场以来一直保持着超高人气。和他并肩作战的伙伴捷德奥特曼又是宿敌贝利亚的儿子。他们这两对的父子关系截然不同。

ZAP SPACY收到了求救信号，雷等人迅速驾驶盘龙号前往，但却被吸进扭曲空间。在扭曲空间的一颗惑星上，雷遇见了其他次元中的自己。这里出现了一头机械哥莫拉。原来在这个星球上，莎乐美星人进行秘密试验，令所有次元的联系都集结在一起。雷召唤哥莫拉迎战机械哥莫拉不敌，正当危急之际，赛罗奥特曼出现营救。而为了计划的继续进行，莎乐美星人启动了黑暗独眼巨人赛罗。

在行星布拉姆附近突然出现了一个神秘的人造天体，它吸收了所有的宇宙机器人并制造出了最强的超级机器人军团。为了阻止它，赛罗奥特曼与镜子骑士、红莲火焰和詹伯特联手对敌。

ZAP SPACY收到了求救信号，雷等人迅速驾驶盘龙号前往，但却被吸进扭曲空间。在扭曲空间的一颗行星上，雷遇见了其他次元的人，并且出现了机械哥莫拉。原来在这个星球上，莎乐美星人正在进行秘密试验，令所有次元的联系都集结在一起。雷召唤哥莫拉迎战机械哥莫拉不敌，正当危急之际，赛罗奥特曼出现营救。而为了计划的继续进行，莎乐美星人启动了黑暗独眼巨人赛罗。

某个晴天的星期六傍晚，愉快的周末正到访每一个家庭，这本是和平的一刻，那时候谁也不知道遥远的宇宙中有着如何的可怕危机正在渐渐迫近。巴尔坦星人本想跟地球人生活在一起，起初并没打算恶意破坏，但是被高斯阻止，巴尔坦星人迫切的想给他星球的孩子找个家，于是反抗高斯。由于月神形态并不是战斗模式，高斯首战几乎同归于尽，后被少年武藏所救。