舞台设在公元2007年的皇树学院都市。这里是汇集最新科技的研究学院都市。这当中，有个为培养各领域的专家而设立的皇树学院。能进入这个学院的人，一定在某个领域里拥有杰出能力。有一天，这个皇树学院的高中部里，来了名叫浩司、龙还有迦瓦鲁的三个人。那天开始，平静的学院生活蒙上了阴影，激烈的战斗开始了。

东京铁塔上，三个不相识的女孩在一道强光下，突然掉在半空中。名为古列夫的魔导师告诉女孩们说，只有成为魔法骑士拯救锡菲罗，她们才能回到原来的世界。锡菲罗是个是一个充满意志力的世界，“意志力”可突破一切的限制。锡菲罗的世界架于一个所谓“支柱”结构上，在支柱“艾美诺公主”祈祷下，世界一片祥和。她们在任务之中遇到了相当多的敌人和磨难，也使她们三人的感情越来越好。

从五次元而来的邪恶军团“嘉克帝国”开始准备进攻地球了。而阻挡他们的是从古代开始就保护地球的艾鲁多兰和他所驾驶的雷神王。可是，雷神王被帝国的司令官贝路塞夫卑鄙的手段所伤，而坠落到地球…… 雷神王坠落到阳升学园里，艾鲁多兰将操纵雷神王的雷神金属托付给5年3班的学生后逝去……就这样，只有小学生参加的「地球防卫组织」成立。 第二天，嘉克帝国的机器人废气邪恶兽