《新·奥特曼》是由圆谷制作株式会社、东宝、凯乐联合制作的一部大电影。电影的年代设定在了现在，沿用了奥特曼的形象，设定和剧情都做了新的定义。地球开始源源不断地出现祸威兽，祸威兽每次出现都会造成巨大的破坏。人类为了守护自己的家园，成立了祸特队。祸特队负责专门处理祸威兽的事情。在人类的共同努力下，陆陆续续出现的祸威兽都被人类给驱逐或者消灭了。随着时间的推移，祸威兽变得越来越难对付，人类政府的开销也变得越来越多。在某次人类与祸威兽的战斗中，一位神秘巨人的出现，引起了所有人的关注，甚至连外星人都参与进来了。

巨大不明生物“祸威兽”不断地出现，已经成为日本习以为常的现象。这种生物通常兵器无力对抗，即将迎来极限的日本政府聚集了“祸威兽”专家，成立了“祸威兽特设对策室”通称“祸特对”。班长田村君男（西岛秀俊）、作战立案担当官神永新二（斋藤工）、非粒子物理学者滝明久（有冈大贵）、泛用生物学者船缘由美（早见明理)被选拔进入“祸特对”，执行任务。突然从大气外飞来的银色的巨人使危机加剧。为了处理银色巨人的问题，祸特对又新配置了分析官浅见弘子（长泽雅美）和神永携手处理。在浅见的报告书上这样写着——奥特曼（暂称），茫无头绪。

吉卜力工作室制作短篇特摄《巨神兵现身东京》，宫崎骏监督的剧场版动画《风之谷》中的“巨神兵”将作为主角登场于此短篇电影。曾负责巨神兵登场画面的作画以及导演动画《新世纪福音战士》的庵野秀明企划，导演则由凭借平成版《卡美拉》系列以及《魔女潜舰》而广为人知的樋口真嗣监督担任。 这是一部完全不用CG技术，而是依靠传统的特殊摄影手法拍摄的影片。短片一开始为东京街头实景拍摄，从巨神兵出现，公园中被拴住的够对着天空中的巨神兵狂吠（似乎故意做的能被看出是玩具狗）开始，你所看到的一切都是使用模型布景拍摄，真实到让人会忍不住怀疑的程度。

1889年，世界正处于工业革命蓬勃发展的时代，国与国之间交往密切，距离一下子被拉近。然而贪婪仍是主流，欧洲列强在亚非地区展开掠夺，战争的阴影始终笼罩在世界的上空。当年在法国巴黎举行的万国博览会上，酷爱发明的14少年让结识了来自马戏团的女孩娜蒂娅。黑色的头发、褐色的皮肤以及周身散发的神秘气质另让倍感好奇，而他很快便和娜蒂娅卷入一场纷争之中。钟爱宝石的格兰蒂斯及其两个手下汤姆和汉森对娜蒂娅胸前佩戴的蓝宝石展开围追堵截，他们此时还不知道，这块宝石隐藏着惊人的秘密。在接下来的日子里，让和娜蒂娅围绕这颗宝石展开了一连串的大冒险……本片根据科幻小说《海底两万里》和《神秘之岛》改编。