詹姆斯在被安排下接下了一件运输工作，但在运输途中发现货物是瑞雪儿交给自己保管的新型机械人---德罗蕾丝，并遭到警察的调查和火星秘密组织的攻击，警察被杀………由于警察被杀的事嫁祸到詹姆斯头上，抛下德罗蕾丝，逃回地球的詹姆斯被捉，而且还连累了雷欧和诺耶鲁被捕，但在押送途中都被德罗蕾丝所救，但他们被通缉了。商量后他们决定前往火星寻找瑞雪儿。

我们的地球和其他的地球战斗着，双方驾驶着机器人战斗，失败者的命运是自己的地球毁灭，被选中的15名少男少女为了解救地球献出了生命但是人类同胞们却冷血无情，故事中，地球、人类乃至地球上的所有生物有可能在48小时内完全消失。事前定下契约的人，一旦选择迎战是直到到战斗结束为止都不可以退出。所操纵的机体活动的能源是机师的生命，战斗的结果只有死亡。

科学家伦多博士为了调查住在冰原的神奇宝贝而来到这里，他的儿子小超却意外被卷入坠落时产生的暴风。在那之后经过了四年。有一天小智和皮卡丘们来到了高科技城市拉鲁斯市，小智巧遇一名少年小超，小超因为四年前的事，让他无法和神奇宝贝相处。小智和皮卡丘在知道这样的情形后积极帮小智克服这个问题，这时候突然出现了神秘神奇宝贝代欧奇希斯，以高科技城市为舞台，神奇宝贝史上最大的冒险将要展开。