故事发生在主人公藤岛鸣海十六岁那年冬天，他与同班同学彩夏卷入了怪异事件，帮助他们解开谜团的是尼特族的统御者、非普通的的尼特族侦探爱莉丝。后来得知这位自称尼特侦探的紫苑寺有子（爱丽丝）是家里蹲，在“NEET侦探事务所”里且总穿着睡衣。主人公、紫苑寺有子（爱丽丝）、尼特族及尼特族侦探团为解开谜团而出动了……

深夜，挥舞巨大钢筋袭击人类的亡灵“钢人七濑”。是单纯的都市传说，还是真正的亡灵？给予妖魔鬼怪们智慧的巫女——岩永琴子，与之正面抗衡。为了消灭由人类想象力创造的恐怖妖怪，为了对抗虚构，琴子设下了由虚构组成的重重机关。空前绝后的推理能否成功？

位于东京的东都线地铁开通当日，一起针对东京都知事朝仓优一郎的炸弹袭击事件爆发，导致东都线列车损毁。经过一番推理，柯南等人认定这与8年前朝仓主持负责的北之泽水坝的修建有关。当年为了修建大坝，朝仓动员北之泽村的人民搬入新村，可是仍有许多人反抗到最后阶段。为了探明真相，柯南等人开赴白雪皑皑的北之泽。在这片纯净的雪国，少年们尽情玩耍，与此同时他们也遇到了几名原北之泽村的村民，山尾溪介、远野瑞希、立原冬美等人。他们是从小一起长大的好朋友，而彼此之间似乎又有着某种芥蒂和秘密。

在类似近现代的架空国度，8月1日这天早上，醒来的女主人公，发现自己失去了所有记忆。突然出现在女主人公面前的精灵，来到人类世界的过程中与主角的意询冲突被困在女主人公心中，要如何取回自己的记忆呢？而手机上传的短信显示着似乎应该是恋人的名字，接下来该何去何从呢？

本作是以解谜为题材的原创动画，Phi-Brain是指拥有黄金比大脑之人，而主人公Kaito作为Phi-Brain的候补者之一，为解开传说中的“神之谜题”而展开一场冒险。 热爱解谜的私立√（Root）学园高一学生大門Kaito，在偶然的机遇下挑战了潜藏在学园近郊地下遗迹中的“不可解之谜”，那是由神秘的智囊集团POG所制造的、招致生命危险的“贤者之谜”。被真相激怒的Kaito漂亮地攻克了贤者之谜，意外地从中获得了“Solver(解答者)”的指名。于是Kaito与青梅竹马的少女Nonoha以及其他拥有解答者身份的同伴们一起，以存在于世界各地的“贤者之谜”为舞台，与POG展开解谜对决。