主人公苍月潮,因为偶然拿到兽矛,被激发潜力变成兽人,解封了一只被兽予钉封了五百年的妖怪虎,从此走上降妖之路.

小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险…

当小智知道合众地区亦有神奇宝贝联盟后，便马上报名和踏上新的旅程，途中更遇上艾莉丝、牙牙与天桐，新的冒险就这样开始了。而冒险随之而来的是脱胎换骨的火箭队，另外在寻找新的神奇宝贝以及新的邂逅的道路上，有更多的考验在等着他们。

住在真新镇的少年小智，迎来了能获得宝可梦训练家资格的10岁生日早晨。对从未见过的宝可梦，与从未见过的世界感到憧憬的他，应该到大木研究所领取要成为自己伙伴的宝可梦，可是小智睡过了头，等他抵达时只剩一只不喜欢人类的皮卡丘。“你是不是很讨厌我？可是，我很喜欢你哦！”尽管两人有过冲突，却也慢慢建立起友谊。外出旅行的那天，他们看见传说的宝可梦——凤王在天际翱翔。小智与皮卡丘拿着虹色之羽立下誓言——“总有一天，我们会一起去见它！”于是小智，为了成为世界第一的宝可梦大师，和皮卡丘一起展开了旅程。他们在途中遇见训练家诚子以及宗次，并听到了有关凤王的传说。“受到虹色之羽的引导，见到凤王的人，就会成为彩虹勇士。”在不知何时潜入小智影子里的神秘宝可梦——玛夏多的引导下，小智一行人前往凤王栖息的天青山，此时却出现了一名强敌。他们俩是否能见到凤王！？为了实现启程那天所立下的誓言，两人现在即将展开成为“真正的伙伴”的冒险！

小智与皮卡丘新的冒险开始了！新的冒险舞台是自然资源丰富的阿罗拉地区。在阿罗拉地区这个四处都是蔚蓝的天空和蓝色的大海的地方，等待着小智和皮卡丘的是新的宝可梦、新的伙伴、以及新的经历。