小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险…

讲述主人公小智揭开从来没有任何人看到过的传说中的神兽Zygarde隐藏的秘密，并且与神秘组织“闪光团”展开激战的故事。小智的精灵甲贺忍蛙出现了不可思议的变化。

经历二十多年业界风云变幻而历久弥新的超强势《精灵宝可梦》系列在全世界拥有无数狂热的爱好者。XY2作为二十多年间从不间断的宝可梦TV动画最新作品，将在这个季度与宝可梦粉丝们准时相约踏上新的旅程。

心中怀着新的理想告别了同伴天桐和艾莉丝，立志成为宝可梦大师的小智带着皮卡丘来到了卡洛斯，在卡洛斯与新认识的旅行伙伴莎莉娜、希特隆、柚莉嘉和新的宝可梦相遇。在寻找新的宝可梦以及新的邂逅的道路上，有更多的考验在等着他们。

100年前，沙漠之都——迪塞尔市因为神奇宝贝之间的战斗而遭受严重破坏。那场战斗的起因是由于一只神奇宝贝的存在。在这只神奇宝贝后来被某人封印了，现在的城市也找回了曾经的平静…… 在小智与皮卡丘一行人的旅途中，他们遇到了幻之神奇宝贝胡帕，以及胡帕的持有者——麦雅丽。喜欢恶作剧的胡帕用不可思议的圆环取出最喜欢的甜甜圈以及各种东西让大家大吃一惊，并且乐在其中。很快，天真无邪的胡帕与小智一行人成为要好的伙伴并一起踏上了旅途。