为了探明日本列岛一系列的异常地壳运动情况，地球物理学者田所雄介博士（小林桂树 饰）与助手幸长信彦乘坐小野寺俊夫（藤冈弘 饰）驾驶的潜艇出海考察。在小笠原群岛附近的海沟处，海底莫名其妙的乱泥流令博士忧心忡忡。经过对各方材料缜密慎重的调查，田所博士作出一个震惊全国乃至世界的预测“由于地球变动，日本即将在两年之内完全沉入海底”。他的预测起初并未得到政府的完全信任，然而在此之后各地强烈地震相继爆发，休眠火山也重新喷发，事态正以出乎意料的速度恶化。在这个与世隔绝的岛国，人民陷入前所未有的疯狂之中……

在实现世界性非武装化的2007年，如超古代文明人幽怜所预言:二大怪兽“哥尔赞”及“美尔巴”出现了。在怪兽攻击的目标——金字塔内，发现了三座巨大的石像。其中两座巨像被怪兽摧毁了。在这紧要关头，有着超古代人遗传因子，属于地球和平联合特搜队(TPC) GUTS分队的大古队员全身被光所包围，并融身于剩下的一座巨像内——迪迦奥特曼在“现代”复活了! 这部动画是为了纪念“奥特曼”诞生30周年而拍的新作。在这部作品中，迪迦和以往的“奥特曼”不同，为了对付强敌，可进行三种变身。此外，和“迪迦”一起担负保卫地球任务的 GUTS队员们，人人个性鲜明，个个生动形象，这也是本作品的魅力之一。