影片以一个警察自杀的场面开始。接着一个冷漠粗暴的男子在夜总会里痛殴黑帮小喽罗，却被该黑帮的老大看中请他做事，他很快成了帮会里的红人。与此同时他又和该帮会的死对头频繁接触，引发了两派之间的激烈斗争。原来这一切都是由于那起自杀事件所引起。

东京著名的“组织”仓田集团解散了非法的部分，而转行成为正式的企业。哲也原来是仓田最得力的左右手，另一个希望吞并仓田的组织大冢集团希望拉他入伙，被哲也拒绝，大冢手下殴打了拒不还手的哲也。吉井是仓田最大的债权人，哲也亲自去找吉井，希望以自己的个人信誉帮仓田一把。作为商人的吉井，当然没有太多的野心，答应了哲也的要求。大冢妄图吞并仓田，他强迫吉井把仓田的债务转让给他，又杀了吉井。大冢来吉井办公室要挟仓田，试图反抗的仓田误杀了向大冢出卖吉井情报的女秘书睦仁，幸亏哲也及时赶到救出了仓田。如今，哲也已经成了大冢的眼中钉，大冢手下的田中和“毒蛇哲也”，多次报复哲也都被哲也轻易挫败，甚至利用哲也的女友、歌手千春天也无济于事。于是，大冢用手中的债务逼迫仓田驱逐哲也，哲也明白仓田的难处，决定离开，成了一个流浪北方的东京人。

在实现世界性非武装化的2007年，如超古代文明人幽怜所预言:二大怪兽“哥尔赞”及“美尔巴”出现了。在怪兽攻击的目标——金字塔内，发现了三座巨大的石像。其中两座巨像被怪兽摧毁了。在这紧要关头，有着超古代人遗传因子，属于地球和平联合特搜队(TPC) GUTS分队的大古队员全身被光所包围，并融身于剩下的一座巨像内——迪迦奥特曼在“现代”复活了! 这部动画是为了纪念“奥特曼”诞生30周年而拍的新作。在这部作品中，迪迦和以往的“奥特曼”不同，为了对付强敌，可进行三种变身。此外，和“迪迦”一起担负保卫地球任务的 GUTS队员们，人人个性鲜明，个个生动形象，这也是本作品的魅力之一。

故事讲述了宇宙开发中心的上空发现了来历不明的太空船，中心继而受到两只怪兽的袭击。高斯奥特曼及时出现，但怪兽极其顽强，高斯几乎招架不住，幸得春野武藏相助，二人融为一体后，威力大增，而正当怪兽快被击退之际，另一个奥特曼杰斯提斯忽然出现。他竟然出手阻止高斯保护地球，最后竟令高斯及武藏死于怪兽之手。太空船的目的到底是什么？