距离东京三百公里外的凤凰岛上，发生了一起人员被马匹踩踏而死的事件，谁知却让杉下右京（水谷丰 饰）的老搭档神户尊（及川光博 饰）找上门来。原来这座私人小岛正提供给有自卫队背景的某民兵组织作为训练基地，而该组织似乎涉嫌制造生化武器。神户受警察厅次长甲斐峰秋（石坂浩二 饰）指派，命令杉下与搭档甲斐享（成宫宽贵 饰）以调查命案的名义前往凤凰岛，暗中侦查生化武器的证据。特命系二人组在民兵组织负责人神室司（伊原刚志 饰）的引导下来到事故现场，而杉下则察觉到这起意外背后似乎有着某种人为的因素存在。 当他和随后赶来的伊丹（川原和久 饰）等人渐渐逼近事实真相时，心怀鬼胎的政要突然命令自卫队对他们采取行动……

警视厅搜查一科特别犯罪对策室被迫解散，室长大泽绘里子引咎辞职，准备从成田机场出发回去美国，可是就在机场等待时她接到了野立信次郎的电话。警界高官黑原健蔵将成为反政府组织黑月的下一个狙击目标，而黑月重要成员高仓龙平在护送中逃脱。虽然绘里子和对策室各成员纷纷赶往现场，但黑原依然中弹，而犯人逃脱。身负重伤的黑原被迫辞职，为了承担责任，对策室再度解散，绘里子去了美国。两年后，当上参事官的野立以接手某个重要案件为契机，使得对策室再度复活。

照常进行修业之旅的小智、小刚、小霞一起辗转来到水之都奥多马雷参加紧张刺激的水上竞赛。奥多马雷流传着一个传说，在很久很久以前，岛上的老夫妇捡到一对孤儿兄妹，当邪魔出现时，两兄妹便会化作威力强大的神奇宝贝拉帝欧斯和拉帝亚斯。他们击败邪魔，并赐予奥多马雷人民“心灵水滴”的宝石作为守护。时至今日，神圣的心灵之滴却引起一对盗贼姐妹的垂涎。她们在追踪妹妹拉帝亚斯时遭遇小智并受挫，贪欲将带给水都史无前例的灾难。

威尔的爸爸妈妈都是超人界定天皇巨星，理所当然，少年威尔（迈克尔•安格拉诺 Michael Angarano 饰）进入了超人的摇篮——超人高校学习。进校的第一天就要进行超能力测试，拥有超能力的优质学生将进入英雄组，其他人则会被分到吃力不讨好的助手组。很不幸，威尔进入了助手组。从此，威尔的日子相当不好过，他不仅被超人组队同学整蛊，就连啦啦队的美女们都取笑他，而且可怜的他还要尽力向超人父母隐瞒他在学校的悲惨遭遇。屋漏偏逢连夜雨，此时，一只罪恶的黑手伸向了超人学校……