距离东京三百公里外的凤凰岛上，发生了一起人员被马匹踩踏而死的事件，谁知却让杉下右京（水谷丰 饰）的老搭档神户尊（及川光博 饰）找上门来。原来这座私人小岛正提供给有自卫队背景的某民兵组织作为训练基地，而该组织似乎涉嫌制造生化武器。神户受警察厅次长甲斐峰秋（石坂浩二 饰）指派，命令杉下与搭档甲斐享（成宫宽贵 饰）以调查命案的名义前往凤凰岛，暗中侦查生化武器的证据。特命系二人组在民兵组织负责人神室司（伊原刚志 饰）的引导下来到事故现场，而杉下则察觉到这起意外背后似乎有着某种人为的因素存在。 当他和随后赶来的伊丹（川原和久 饰）等人渐渐逼近事实真相时，心怀鬼胎的政要突然命令自卫队对他们采取行动……

《深夜食堂》讲述了发生在一个小餐馆的故事，这里的菜单只有猪肉酱汤套餐一种，但是老板可以根据客人的要求利用现有食材做出各种料理，而且他还会和客人一起带出一个个充满人情味的故事。来小餐馆的有各式各样的客人，有黑社会份子，有没名气的演员，还有上班族和OL三人组。 　　

大学三年级的川仓晴香（新木优子 饰）在好友滨崎真希（冈本杏理 饰）的邀请下参加了某企业的实习生招募说明会，听取了企业CEO牧野正幸（风间彻 饰）的演讲后，晴香感觉自己兴趣不大，正想放弃时，真希却帮她提交了申请。在回家路上，晴香差点遇到交通事故，又是牧野救了她。在病床上醒来的牧野，遇到一个自称死神（佐野岳 饰）的人，并且看到了自己出窍的灵魂。死神告诉他，由于他救了本该因为交通事故而死去的晴香，因此他的命运就变成了代替晴香死去。想要两个人都活下去的方法只有一个，就是要改变晴香的未来。牧野认为只要让晴香在实习期获得优异成绩，顺利入社的话就能改变未来，于是便附在真希身上，全力支援晴香的实习生活。但晴香却不领情，反而自说自话只想靠自己的力量，结果成绩相当糟糕。她到底能不能顺利取得入社资格呢？

围棋手吉流（秦昊 饰）初到东京留学，陷入生活迷茫困境，在去千叶的列车上，他与背着蔬菜进京的五十岚婆（倍赏千惠子 饰）有了一次奇特的偶遇，从此他的生活进入了一个奇异的圈子，他与五十岚婆的孙子翔一（中泉英雄 饰），与翔一的女友奈菜子（张钧甯 饰），与旅店的服务员内藤加美（田原 饰）， 开始有了剪不断理还乱的关系。躁动的青春，异国的少女，不移的围棋梦想，在苦闷激情的年华里冰火交融。