自从人类豢养宠物的历史开始以来，世界上的猫们和狗们就是不共戴天的死对头，它们之间的争斗从未停止过。而作为主宰的人类，也并不知道，狡猾的猫们其实早就野心勃勃地妄图霸占地球，它们世代相传研发各种科技与武器，卧底在人类身边伺机发动“政变”，要不是忠心耿耿的狗们每次总是千方百计地挫败猫们的疯狂计划，恐怕人类早就被猫取而代之了。于是猫们也就视狗们为眼中钉，伺机将对方置之于死地，彻底除之而后快。

阿卡尼相信世界分为光明与黑暗两个世界，彼此间存在联络之门。20世纪60年代，政府成立超自然研究部门713局，哈金斯躲在一个小岛，对儿童进行残酷的秘密试验，使他们和魔物融为一体。

影片承接第一集母亲维尼卡怀上赛斯孩子的伏笔，当她产下一枚蝇蛹时被当场吓死。当局的科研机关巴托工业园收养了苍蝇之子马丁·布朗多，由巴托工业的老总巴托先生抚养。巴托先生密切监视着马丁的一举一动，表面上把马丁视如己出，实则却把他当作研究对象，暗地里用摄像机记录下他所有的生活过程，让马丁研究他父亲生前的时空传送装置。马丁看上去英俊帅气，无异于常人，除了的惊人的生长速度和超人的天资才能。不久，马丁就与美丽的贝斯·洛根坠入爱河。可隐藏在马丁体内的变异染色体突然苏醒，等待马丁的是变成下一个“苍蝇人”的恐怖噩耗。